冯蘅出嫁时不过十七岁，夫妻恩爱，转眼过了三年。三年来，行遍五湖，良辰美景无一错过，年少心愿得偿。岛上众弟子渐已成材，在江湖上都闯下了一些威名，桃花岛自是无人胆敢小觑。
这一日冯蘅与黄药师对坐试剑亭内，冯蘅望这苍茫大海呆呆出神，心中思忖：“三年来我们欢好如初，我不会武功，而天下豪客谈起东邪黄药师的传奇已不能不提我。药师如此心满意足，而我知道，我生平从未如此辛劳地去追随过一个人。他如此精灵古怪，放诞博雅，我须得用尽了心思，让他时常欢然惊叹，犹如在一片蘅芜香气中和我欣喜相逢。三年如梦，终于我看过了年少渴望的种种奇观，经历过年少时难以想象的种种奇遇，小心周旋，毫无过失。我的诸般才能和天赋，发掘出来，连我自己也惊讶我居然能应付这些波谲云诡，药师得意，旁人赞叹，而我却开始感到疲倦了。”
冯蘅抬头看看黄药师，见他注视着远方出神，于是垂下头继续沉思，忽而想到那天走在江边，日落时一川暝霭，芳草斜晖，天际悬着半规凉月，蓦然发现那些平常生活离我是那么遥远，自己曾如此不经意的度过自己的年少岁月，不经意地放弃了轻而易举的生活，几年来去品尝各种各样的人生，而到头来，却开始怅惘。人之生也有涯，而知也无涯，以有涯逐无涯，怠矣。我真的倦怠了。或许我比当年的倚门望海的自己多了些见识，但面对未来，我开始害怕力不从心。药师是如此精力旺盛，他是我年少时认定的知遇之情，莫逆之交，我对他仍然倾心，依旧钟情，但是我累了。幸而，我怀孕了。日后，他若想漫游天下，我也可伴着这个孩子宁静地生活，在桃花岛上守望他的归帆。
黄药师忽而察觉冯蘅半晌不言不语，过来伸手搂过娇妻，探问道：“你在想什么？”
冯蘅暗叹了一声，心道难道你真的不明白？举头望望天空，不觉间四野阴沉，乌云盖地。
就是这时，武眠风慌慌张张跑来，道：“陈师弟和梅师妹一早就不见了，我和曲、陆、冯三位师弟在桃花岛找寻半日，却是找他们不着。海边小船却是不见了一艘！”
黄药师一惊，吼道：“他二人胆敢私自离岛！简直活得不耐烦了。”
冯蘅平日留意二人举止，此时心中道猜出了八九分，劝道：“大哥有所不知，陈玄风和梅超风相互倾心已久。那日他二人私会曾被我撞见，十分尴尬害怕。想他二人怕黄大哥知道受罚，因此私奔出岛。”
黄药师怒道：“我未必不准他们相好，他们怎敢这样做？那陈玄风要是撞见欧阳峰可怎么办？”想到陈玄风可能找欧阳峰复仇，不禁联想到《九阴真经》，心中凛然而惧，急闯入内室翻找，那冯蘅默写的下册真经却是不见了！
陈玄风爱慕梅若华不假，自己对报仇一事耿耿于怀，他知道修炼真经上的功夫便可天下无敌，于是偷盗了黄药师的真经，又花言巧语劝说梅若华跟自己私奔，梅若华害怕师父惩罚，受刑必极尽惨酷，夜里跟着陈玄风叛逃出岛。二人乘小船偷渡到了东面的横岛，再辗转逃到浙江宁波。二人在荒山中修习“九阴白骨爪”时，凑巧给柯辟邪、柯镇恶兄弟撞上了。梅超风拜师前在雷峰寺吃过他兄弟苦头，今日仇人见面，分外眼红。那柯氏兄弟自师父慧才被黄药师打死后，四处云游学艺，倒是弃恶从善，学得正道大义，颇具侠骨风范，不想今日与梅超风荒山偶遇。梅超风阴惨惨笑道：“我师父在江湖上号称‘东邪’，你柯氏何等样人敢叫辟邪？当真是不要命了！”四人动起手来，梅超风一人打死飞天神龙柯辟邪，打瞎飞天蝙蝠柯镇恶。
他夫妻二人秘修阴毒武功，在江湖横行无忌，为非作歹，却连累了自己同门师兄弟。那日黄药师气得浑身发抖，震怒之下，将武眠风、曲灵风、陆乘风、冯默风脚筋挑断，一一逐出师门。
冯蘅悄悄命哑奴为四名弟子准备舟楫，亲送四人出岛。冯蘅安慰道：“药师一时气恼，处罚得重了，希望你们不要挂怀，待你师父气消了，我再劝说他重新把你们收入门墙。”四弟子痛苦流涕，武眠风对桃花岛感情最深，想到不知何日能够重返桃花岛，哭得甚是伤心。冯默风年幼，只是哭着不说话。
曲灵风泣道：“我们做弟子的，对师父不忠已是大错，我们不怪师父责罚。他日我们见到陈师兄、梅师姐，一定劝他们到桃花岛负荆请罪。”
陆乘风远不及曲灵风口气随和，恨恨道：“那两个没心肝的东西连累了我们，我陆乘风一定将他二人捕来问罪！”
冯蘅见这师兄二人心事各异，心下颇觉无奈，暗自神伤了一回。
冯默风伤势最轻，忍痛荡舟，驾着小船驶离桃花岛。曲灵风倚在船舷上，呆望着灰暗的天空，叹道：“师父的本事才学可谓天下无双，做弟子的十分敬仰。但我现在还想不通，师父的为人到底是成功还是失败。”
武眠风、陆乘风疼痛钻心，面露苦楚，根本没注意他在说什么，冯默风倒还清醒，轻“啊”了一声，似在征询，却又全然不解其中深意，继续转头摆渡。
曲灵风心潮起伏，想了很多，很古的接舆髡首，桑扈裸行，到不事合作特立独行偃仰啸歌的竹林七贤，乃至屈原、陶渊明……这些人内心深处与师父都是一脉相通的，“世人睥睨我自笑”。这些人也许脾气古怪，偏激狂放，洒脱狷介，究其根本无外内心深处睥睨世俗，无外是个看破红尘的时代的清醒者。他们的内心是苦闷孤独的，这种叛逆者多半要面对有心作为，无力回天的无奈。曲灵风想着想着，不禁又是一声喟叹，喃喃道：“我觉得师父永远与世无争地，应该象陶潜、七贤那样在山水中慢慢死去，或者象屈原那样绝望自杀死去。这种人注定不会显贵，甚至注定要清瘦。以师父的技智，倘若积极入世，不知要造福多少百姓，可他偏偏不去改变这个他看不惯的世界……”
连日来，无论冯蘅如何婉转逢迎，也见不到黄药师的笑颜。冯蘅想不到一册经书将事情闹到这步田地，也是无比难过，含泪苦劝，黄药师哪里听得进去？明知众弟子已离桃花岛而去，黄药师依旧把众弟子大骂了数日。
冯蘅见丈夫连日来始终闷闷不乐，若无其事地说道：“药师，我再把《九阴真经》默写给你吧！”
黄药师听到妻子这般承诺，心头一喜，眼中霎时映出光芒，紧紧握住冯蘅的纤手。
冯蘅顿觉一阵寒意袭上脊背，而面目仍然习惯的微笑着，好让丈夫心平气和。
黄药师微觉异样，旋即知她实为安慰自己，不免担心道：“你已有孕八月，不宜劳累。何况那经书在阿蘅脑中也忘记得差不多了吧。”
冯蘅道：“再等些时日，恐怕忘得更多。就让阿蘅再试试吧。”于是又铺开纸张，提笔写字。她对经文的含义本来毫不明白，当日一时硬记，默了下来，到如今却已事隔三年，怎么还记得起？冯蘅爱极了丈夫，不忍拂了他意，冥思苦想，昼夜不息，她不能让丈夫失望，不敢让丈夫失望，害怕让丈夫失望。
冯蘅连日来默默不响，用心写书，苦苦思索了几天几晚，最终只写下了七八千字，却都是前后不能连贯。
冯蘅放下纸笔，慢慢研着墨，直如研着自己的生命，砚中倒映着一张苍白的脸，发觉自己竟然如此仓促的老去，如此仓促的耗尽了生命。
一阵眩晕袭来……
冯蘅闭上眼睛，竟然觉得些许轻松。从今以后，我又能归于宁静而长久的栖居，我的心力已尽……心思又回到那个空灵的境界，这个聪慧而蓬勃的男子耗尽我的生命，跟着他疾雷震山，飘风过海是我心甘情愿，我能报答他的，也无非是这短短的三年！这是我瞬息零落的刹那芳华。我终究累了，我想睡去，一暝不觉。我不再努力去记诵那茫然的经文，为着他的心愿，我竟然也死在这我并不知晓的武林秘籍之上！年少时自己曾不屑于寻常巷陌的夫妻之情，一心一意念着白首如新的神仙眷侣。直到今日我方信了这高山流水终不如柴米油盐耗得长久。我也曾以为我能相伴药师数年便可心满意足，可今日松了手将离去，却陡然羡慕起那儿女灯前的寻常夫妻。可是药师，他肯和我做得这般寻常夫妻么？这是我自己择的夫婿，自己择的命运。上天让我偿了心愿，也收走了代价，只是我从前并不知道代价会如此高昂。我不在意自己的生死，可是我没有预见，我因此竟无法抚养我的孩子。
剧痛袭来，冯蘅努力换了一种对胎儿有利的姿势，忽而闻到窗外那株刚刚开放的木芙蓉的香味，和初秋清晨凉爽的风露拂进窗柃，心中一片安宁。
黄药师听到冯蘅呼唤，大步进来，万没料到冯蘅心智耗竭，竟而流产，待她生下了一个女婴，她自己可也到了油尽灯枯之境。黄药师深责自己不太知道妇科的禁忌，不该太相信妻子，一时只顾叹息不知如何是好。任凭黄药师智计绝世，医书高超，却无计可施，终至药石无灵，眼看救不了爱妻的性命。
黄药师见冯蘅气息越来越弱，眼看救治不活，不由悔恨不已。弥留之际，冯蘅拉住黄药师的手，问道：“咱们的孩子好吗？”
黄药师忽见她神智清明，问自己话，显然回光返照，满眼都是泪水，于是轻声应道：“是个女孩儿，长得象你。”
冯蘅大感安慰，道：“还没给女儿起名字吧？”
黄药师道：“阿蘅最会起名，还是阿蘅来取吧。”
冯蘅道：“我在芙蓉轩里闻着木芙蓉的花香生下她，就叫蓉儿吧。”
黄药师喜道：“好好，就叫黄蓉。”
冯蘅又道：“我没有能为你办好最后一件事，对不起。我要让你多多保重，自寻快乐度过余生……”
黄药师喉头哽咽，再也说不上话来。
“当女儿长大成人，一定不要嫁给一个太聪明的男子。她会一身安康，享尽天年。”冯蘅一字一顿道，“阿蘅活不成了，最是放不下你们父女两个……”
话未说完，双目一闭，两行泪水滴了下来……
黄药师痛不欲声，冲到屋外，直把头往树上撞，桃花舞落，天昏地暗，何似人间！
二十多年后，黄蓉嫁与笨侠郭靖，在桃花岛芙蓉轩生下一女，想起父亲讲述当日之事，深念为母之苦，便将女儿起名芙儿。
数日来，黄药师形如枯木，兀自在冯蘅灵前呆坐，饶他足智多谋，千算万算，却算不出冯蘅累死这一步，忍看爱妻惨死，万念俱灰，心智颇为失常。当初华山之上，冯蘅将自己药昏让王重阳独得经书，实是高瞻远瞩、先见之明。岳门三煞得经惨死，王重阳得经立死，今日冯蘅得经亦死。难怪当初黄裳前辈将经书紧锁庐山简寂观，斥为邪魔，实是一番苦心。如果自己当初不贪心，冯蘅未必就死，桃花岛也不至如此败落，思想起来，悔恨不已。
这日间，忽听老顽童在屋外大呼小叫：“黄老邪，你出来，快把老顽童的真经还我！不然我把桃花岛掀个底朝天！”黄药师立时勃然大怒，心中所想，俱是这周伯通若不把经书带到岛上来，阿蘅不能累死，心头十分恼恨。
周伯通并不知黄药师新近丧妻，施施然走进来，指责道：“江湖盛传说桃花岛门下黑风双煞得了《九阴真经》，练就了几种经中所载的精妙武功，到处为非作歹。”
黄药师知骗他不过，恶道：“伯通，黄药师素来说一是一。我说过绝不向你的经书瞟上一眼，我几时瞧过了？桃花岛的《九阴真经》，是内人笔录的，可不是你的经书。”
周伯通早已经打听清楚才来找黄药师算帐，不想今日黄药师依旧强辞夺理，大发脾气，叫道：“我老顽童要找嫂夫人出来评评理。”
黄药师一脸苦笑，道：“你不见这里供着内子的灵位？”
周伯通进来就见他闷闷不乐，一听此言，不由“啊”了一声，自己也万没想到冯蘅二十岁就短命死去，抬头见供桌上果然放着“桃花岛女主冯氏灵位”，白花白幡，凄惨肃穆，于是点了三支香，在她灵位前恭敬行了三个礼。黄药师肃立一旁恭敬还礼。
周伯通把香插好，跪在地下蒲团之上，捻起几张黄纸，在长明灯上点燃了，轻放入面前盆中。古来死者为大，周伯通这点倒不犯浑。
只听黄药师在一旁冷笑道：“老顽童，你也不必假惺惺了，若不是你炫夸甚么狗屁真经，阿蘅也不会离我而去！”说着满脸怒容的盯着周伯通，忽而眼中流下泪来，过了半晌，才把冯蘅的死因说与他听。
周伯通知他喜怒无常，性子难以琢磨，又见他爱妻逝世，心智失常，总是胡言乱语，怒气渐消，也不愿再跟他计较什么，笑笑道：“你是习武之人，把夫妻之情瞧得这么重，也不怕人笑话？”
黄药师黯然道：“我这位夫人与众不同。”
周伯通道：“你死了夫人，正好专心练功，若是换了我啊，那正是求之不得！老婆死得越早越好。恭喜，恭喜！”
黄药师跳了起来，双眼一翻，道：“你说什么话！”
周伯通依旧笑道：“我想到甚么就说甚么，有甚么说不得的？黄老邪你做人也真正失败，你可以逼着江湖上的人参加你的婚典，事实上却没有几个真心的朋友；如今你老婆死掉了，前来吊孝的不是我老顽童一个么？”
黄老邪怒不可遏，发掌向周伯通劈去，正是“落英神剑掌”的厉害招数，二人就此动上了手。
周伯通终究武功不济，黄药师毫不留情面，转眼把周伯通打得重伤呕血。
周伯通从没见他如此愤怒暴虐过，心下大骇，转身就逃。跑了数里，看见前面有个山洞，想也不想便钻了进去。那洞口正是昔日死火斋，大魔头冯致虚曾在里面石壁上刻下伪“双手互搏”，害得岳见龙疯魔，黄药师心里深恨之，早把死火斋炸了。房屋坍塌，尚有部分地洞露在外面。
黄药师对这道路再熟悉不过，知道老顽童毕竟躲在里面，于是追到洞里将他暴打一顿，还打断了周伯通的两条腿，叫道：“老顽童，你快把《九阴真经》的上卷拿出来，我要火化了祭奠阿蘅！让阿蘅在地下知道，她苦思不得的经书到底写的什么。”
周伯通嘴里不服，叫道：“只要你一用强抢夺，我就把经书毁了。”
黄药师哈哈笑道：“我不信制服不了你！量你也逃不出桃花岛，我总有法子叫你离开这洞！”说着转身离去。
周伯通却不服输，笑道：“那咱们就试试！”
黄药师以后数日间更是日日来逼，暗中却也派哑仆送给他饭食吃。周伯通知他理亏，心志弥坚，把经书藏在洞内，自己坐在洞口守住，始终不与黄药师《九阴真经》，二人一耗就是一个多月光景。
这一个月间，黄药师曾经亲赴雁荡山至一真人处找寻起死回生回生之方。至一真人是自己昔年铁衣教部下萧洞玄、杜梦乾的师父。黄药师与他叙了一段旧，将自己心爱的一枝方竹杖送与至一真人求他救冯蘅活命。方竹杖产于巴蜀，是他自己婚典之时，段智兴送的贺礼，十分珍贵。至一真人微笑着答允，即转入后厅。
黄药师在观中左等又等，始终不见他跟自己到桃花岛救人，闯进去一看，岂知那至一真人已将方竹刮成浑圆，正涂红漆。黄药师暗想，送他金鱼，难免汤镬，至一道长医名虽盛，实无起死回生之能。
恼恨之余，万念俱焚，黄药师杀死至一，返回桃花岛，只用二十几日便指挥手下哑仆打造出一艘大船。
原来他见爱妻身死，痛苦万状，了无生趣，一意便要以死相殉。他自知武功深湛，上吊服毒，一时都不得便死，死了之后，尸身又不免受岛上哑仆糟蹋，于是打造了这艘花船，以殉全家共同出海赴死之念。