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昌邑王劉賀不甘只做傀儡，太著急於發動政變清除霍光，帝位近在咫尺卻反而被廢，可以說是非常天真。接下來即位的劉病已，十八歲前在民間長大，對人情世故非常瞭解，他一直在靜靜等待高齡霍光的死亡。
宣帝劉病已即位後沒多久，就失去了在民間所娶的許皇后。接著霍光的小女兒被冊封皇后。因為許皇后過於隨和，於是有傳言說她是被毒殺的。
宣帝即位時，為了表示自己沒有野心，在霍光請求將政務全部奉還的時候，決定
——諸事皆先關白光，然後奏御。
日本官名中的“關白”，就是由上面《漢書·霍光傳》的記述而來的。
從宣帝的決定中可見其謙遜，但事實並非如此。有昌邑王的先例，閃電即位的皇帝位子並不穩固，自己也不知道會被安上什麼罪名拉下馬來。所以，如果把所有的事情都讓霍光去解決，宣帝就不用負什麼責任。
許皇后之死是在宣帝即位三年後（前71），霍皇后的冊立是在這一年後。漢皇室就形成了霍光的外孫女是皇太后而女兒卻是皇后的局面，關係是倒過來的。在冊立霍皇后的兩年後（前68），霍光死去。直到臨死那一刻，他還是心念萬歲方才閉眼的。宣帝親自到病床邊探望。
霍光死去的第二年，宣帝立許皇后所生的奭為皇太子。知道了這件事的霍光夫人顯氣得吐血，於是讓女兒也就是皇后去毒殺皇太子。然而皇太子身邊的試毒防備嚴密，毒殺是不可能成功的。
緊接著宣帝決定，群臣上奏不再經由尚書，可以直接放到皇帝案頭。霍光曾領有大將軍和尚書的職位，大將軍握有軍權，而尚書可以把對霍氏不利的奏章扣下來。霍光死後，尚書一職由霍光的侄孫霍山擔任。因為凡事可以繞開尚書，所以這就成了個有名無實的虛職，無法對奏章事先檢查。接著宣帝開始裁軍。
——久勞百姓，非所以綏天下也。
廢止了車騎將軍和右將軍的屯田。右將軍是霍光之子霍禹，他被授予和父親一樣的大司馬一職，然而卻沒有應歸自己指揮的軍隊。就這樣，掌握軍權的霍氏一族被從軍隊中剔除出來，不斷有人被調往蜀郡、武夷郡等遠方。之後由亡故的許皇后一族和史氏（宣帝祖母——武帝的皇太子劉據的妻家）中的年輕人出任司令官，替代了他們的位置。
霍氏被逼到絕路，於是發動政變，但全族都被誅殺。《漢書》中如是寫道。不過被宣帝老練地從軍隊中剔除出來的霍氏，真的就有發動政變的實力麼？說是霍氏計劃廢宣帝而立霍禹，但在陰謀發動前被發覺。霍皇后被廢，霍光的未亡人顯被殺並曝屍於市。這也是宣帝對殺害糟糠之妻許氏的報復。宣帝已經發現了許皇后的死亡原因，是女醫淳于衍根據霍光夫人顯的命令而下的毒。北宋司馬光在《資治通鑑》中認為霍氏雖罪該萬死，但霍光的忠勳是漢應該祭祀的，對停止祭祀的事情評價說
——孝宣帝亦少恩哉。
確實是有些薄情寡恩。民間長大、喜好遊俠、曾流浪各地的宣帝明白世間的嚴酷，他不可能對毒殺皇后、毒殺皇太子未遂等事情視而不見。此外在民間長大的宣帝深知人民的苦處。裁軍是其中一環，另一方面他將刑罰變得更加嚴厲。他目睹世間惡黨橫行，善良的人民深受其害，所以他起用法家的官員，實行嚴罰主義政治。皇太子劉奭屢屢向宣帝進諫，說刑罰過於嚴厲，建議依據儒家理想施行政治。宣帝肯定會覺得在這個宮廷內長大的、規規矩矩的皇太子非常天真。他訓誡皇太子說，儒家思想雖好，但實際的政治必須是適當地糅合霸道和王道來施行的。因皇太子受儒教影響太深，傳說宣帝擔心
——亂我家者太子也。
宣帝在牽心於讓人民休養生息的同時，在斷定不得不用武力的時候也會斷然起兵。
霍光死後次年（前67），吐魯番盆地的車師前國（國都是殘存至今的交河城遺址）向漢稱臣，但又和匈奴勾結，想要阻斷親漢國烏孫和漢之間的道路。宣帝令鄭吉、司馬熹率綠洲的萬餘兵進攻車師前國，最終迫使其投降。
神爵元年（前61），漢打擊羌的先零。先零如果和匈奴聯合，漢通向西域的通道就會被隔斷。這場戰爭中，年逾七十的老將趙充國獻上了斬首七千六百、俘虜三萬餘的輝煌戰果。
次年，因匈奴的虛閭權單于死去，同時有五個首領自稱單于，匈奴的實力明顯變弱。甘露三年（前51），匈奴的呼韓邪單于入朝。入朝正是臣服的表現。白登山之恥以來，匈奴曾是漢朝國防的最大問題，現今已經不能再向漢施加壓力了。相反，如果不能和漢保持友好，單于甚至都無法掌控匈奴。
漢完全掌控了西域的貿易路線。漢設西域都護，通過絲綢之路進行的貿易變得繁盛起來。
雖說宣帝薄情寡恩，但與其說是他是個法家，不如說他是個現實主義的政治家。因為他曾在民間度過艱辛的時光，所以可以嗅查到濃重的現實氣味。霍皇后被廢后，宣帝挑選沒有子女、忠實本分的女子為皇后，這就是王皇后。連這件事情也顯露出他徹底的現實主義個性。
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黃龍元年（前49），宣帝死去，受儒教影響極深的皇太子劉奭即位。這就是元帝。
儒是一種理想主義，政治上尊崇王道。然而，現實政治並不是只靠理想就能運作的。正如宣帝所一針見血指出的，在現實政治中必須綜合運用王道和霸道。不過，元帝採用的卻是單槍匹馬的王道——理想主義。
元帝手下起用了大量儒者，施行理想主義的政治。他廢止了有悖於儒家精神的鹽鐵專賣，但國家財政立刻就變得舉步維艱，幾年後又不得不恢復。也有建議說，從農本主義出發，應廢止貨幣經濟，恢復到物物交換，但事實上這是根本行不通的。
——上牽制文義，優遊不斷，孝宣之業衰焉。
《漢書》是這般概括元帝的。它讚揚了“孝宣之業”，意思是宣帝使匈奴臣服，將西域收入勢力範圍，此外還弱化了內朝和外朝，打造出獨裁權力。霍光弱化了外朝，而宣帝又清理了霍氏一族，弱化了掌握軍權的內朝，所以業績已經是無人能及了。而元帝則將此優勢損失殆盡。
皇帝並不是無所不能的。就算是宣帝，也要藉助許氏和史氏等外戚的力量。宣帝能憑藉自身優秀的資質來駕馭他們，但元帝做不到。
元帝的皇后叫王氏。如前所述，霍皇后被廢之後，宣帝所立的皇后也叫王氏，故而元帝的皇后一般被稱作元后。元帝於在位的第十六年死去，元后所生劉驁即位，叫做成帝，在位二十六年。
說起元帝的業績，就是完全把漢變成了儒家體制的國家。成帝雖有帝王資質，在位的後半時期卻沉迷於女色。自從他寵愛趙氏姐妹開始，後宮——皇帝家裡就起了亂子。成帝的生母，也就是元后王氏一族就成了掌握極大權力的外戚。和宣帝不同，元帝、成帝都無力壓制外戚。
元后兄弟的兒子個個都被授予很高的爵位，並身居要職，不過早死兄弟的兒子就沒有這份待遇了。王莽也是族中一人，但父親早死，所以在王家並不受待見。但元后憐憫他，對他格外照顧，在大司馬王根（王莽的叔父）辭職後讓他繼任了這一重要職務。
成帝沉迷女色卻無子嗣，於是就由元帝側室傅氏所生定陶王劉康的二十歲兒子劉欣即位，這就是哀帝。哀帝是同性愛者，只愛叫做董賢的美少年，還任命他為大司馬。董賢年僅二十二歲，在宮廷內長大，毫無政治手腕。漢王室也真的是墮落了。不過哀帝在位六年就死去，這六年中，王家大權旁落，但在哀帝死後卻重掌實權。元后和王莽商量，立九歲的中山王為帝，這就是平帝，但他的生母衛氏卻被留在中山（河北省），不允許來長安。當然這是元后和王莽商量的結果。王莽從這個時候起，就有了奪取漢家天下的意圖。
王莽對操作輿論很有一套。哀帝的時候王莽失勢，但偶有日食，就會有人說“這是老天在訴說王莽的無罪”，傳言散佈開來。平帝的元始二年（2），黃支國（越南）獻上奇獸犀牛。在古代中國，人們相信珍禽異獸的出現是聖天子出世的前兆。據說實際上黃支國獻上犀牛是出自王莽的手筆。
王莽的次子王獲因殺害奴隸，被父親責令自殺。此外長子王宇也因諫言“把平帝生母留在中山是不對的”，反被父親命令自殺。為了天下黎民，大義滅親的美談就這樣被炮製出來。平帝的生母衛氏被以謀反的罪名誅殺，接著王莽把自己的女兒立為平帝的皇后。平帝十四歲時暴斃，他因生母被殺而憎恨王莽，王莽知道後就直接給他端上了毒藥。
平帝死後，宣帝一脈皇族中最年少的子嬰被選作後繼者。這是個年僅兩歲的嬰兒。年號改為“居攝”，王莽以“宰衡”之名攝政。輔佐周成公的周公被叫做“太宰”，輔佐殷湯王的伊尹被叫做“阿衡”。把過去的兩個地位最高的輔佐大臣的稱謂並列，意思是沒有在此之上的監護人了。
不久王莽就變本加厲起來，不再只是區區輔佐大臣了，他自稱假皇帝。秦末陳勝吳廣之亂時，吳廣稱假王。這個“假”是副的意思。在副皇帝之後，他又讓人們叫他攝皇帝。
王莽取代漢代劉家成為皇帝，只是個時間問題了。
居攝三年（8），四面八方傳來了所謂天命降臨的瑞兆報告，王莽終於登上了天子之位。漢自此滅亡，王莽開啟了以“新”為國號的王朝，其由來是他當初被封為新野侯。
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王莽的目標是復歸到聖天子統治天下的周代古法。周公制定周代制度已經是千年以前的事了，但因為孔子的大力推崇，人們認為周代政治是理想的。偽善的王莽在接受漢代最後皇帝的禪讓（實際上是篡奪）的時候，拉著幼帝的手，流淚說：
從前周公攝位，最後將大政奉還。而現在我竟迫於天命，不能如願。
並不是所有人都對王莽的篡權袖手旁觀。劉崇、劉信等宗族和地方長官翟義起兵，兵力一度達到十萬大軍，但還是被王莽軍鎮壓了。王莽從大司馬、安漢公、宰衡，逐漸升級稱號到假皇帝、攝皇帝，直到做了新王朝的皇帝，所以人們只要稍加留意就知道漢朝已然終了。
雖然篡權有計劃性也有現實性，但王莽所走的政治路線是完全忽略了現實的理想主義，所有的一切都採用了太古的周代制度。按清末康有為（1858—1927）的說法，王莽時代的古文經多屬偽作。王莽就是善於偽造的名人。瑞兆也是偽造，更不用說四十八萬條對他的歌功頌德了。
迴歸周代古法的復古主義使社會陷入了大混亂。不僅如此，連外交也停滯了。
井田法被決定付諸實施。該法認為天下的耕地全部是“王田”，不過沒有人知道此法是否真的在周代實行過。“奴婢”的稱謂被改為“私屬”，這種做法認為所有人口都是天子之物，現今是臨時由個人代管，他們從事耕作也是在為天子效勞。土地和人民都是天子之物，所以對它（他）們進行的買賣是被禁止的。
視土地和奴婢為私有的地方豪強自然要反對王莽的政策。這個政策無疑是在宣告對個人財產的否定。西漢晚期，土地兼併日益加重，各地的大地主都成了豪強。元帝時候開始，歉收可以說就像是慢性病一樣綿綿不絕，失去土地、成為流民的人不在少數。因流民的賊匪化，豪強為了自衛就組建武裝。豪強、流民、私鑄、鹽鐵走私等武裝團體在全國遍地開花。
根據儒教的華夷思想（該思想認為文化的中心是華，文化不發達的是夷狄），把匈奴改名為降奴的孩子氣做法並不少見。西漢曾把臣服的匈奴單于立為王，但到如今夷狄為王是不被允許的，所以就降格為侯。所以，此前臣服漢的各地部族就必然會疏遠王莽政權。
這樣一來，不起叛亂倒顯得不正常了。只要有人開頭，馬上就會出現天下大亂的局面。開這個頭的是個被稱為呂母的婦人，她只是個釀酒的普通人，並不是擁有私兵的豪強，也不屬於流民或是走私集團。她的兒子是個縣裡的官吏，因為過失被長官殺了。漢代縣的長官是縣令，嗜好更名的王莽把縣令改名為“縣宰”。呂母為了復仇，召集了一群血氣旺盛的年輕人。因為她是釀酒的，年輕人來買酒的時候她就不收錢，以此為拉攏手段。另一方面，她投入全部財產購買了武器。就這樣，呂母一黨襲擊了海曲縣（山東省），殺了縣宰，砍下了他的頭。呂母把首級供在兒子的墓前。呂母雖然達成了目的，但為了在亂世中生存，就只能繼續結黨，無法解散，也不能解散。因私人性質的復仇而僱傭起來的武裝團體，性質上變成了造反集團。撼動王莽政權的“赤眉軍”據說就是這樣誕生的。
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在海曲縣起事的呂母一黨為了區別敵人和自己人，把刷牆的紅色染料塗到自己的眉毛上。“赤眉軍”的稱號就是由此而來的。繼呂母之後，接手指揮赤眉軍的是樊崇，他手下有逢安、徐宣、謝祿、楊音等一干助手。
王莽的政治與其叫做暴政，不如叫做亂政。忽視現實的復古主義政治必然會搞亂現實。強行推進我行我素的政治，引起了本質上屬於體制派的地方豪強的反感，嚴罰主義又製造了大量的流民群。於是人們就懷念漢朝。劉氏皇帝統治天下的時候，雖不一定會太平，但和王莽的政治相比就要安定的多得多，秩序也能得到保證。
呂母一黨在山東點燃了大亂的導火索後，各地的流民們也開始行動起來。黃河和淮河之間以及長江支流的各個流域內，適合流民聚眾建寨的地形非常多。現在湖北省當陽縣東南的綠林山就是其中之一。以新市人王匡為首，王鳳、王常、成丹、馬武等人把此處作為流民的據點。開始只有幾百人，但短短幾個月內就達到了七八千，記錄稱最盛期有五萬人，去往那裡的飢餓流民多到趨之若鶩的程度。後世賊匪有個別稱叫“綠林”，就由來於此。
王莽於新地皇二年（22）發兵兩萬進行討伐，但反倒在綠林造反軍那裡吃了敗仗。不過，狹小的綠林山無法供養大軍，據說綠林軍因疫病而損失的兵力就達一半。於是他們兵分兩路，從綠林山移出。北上進入南陽的稱為“新市兵”，前往西方南郡的叫做“下江兵”。
南陽一帶是豪強勢力很強的地方。漢武帝的庶兄劉發被立為長沙王，除了繼承王位的兒子，還有五個兒子被封侯。其中一人被封為舂陵侯，但由於封地是潮溼的低窪地，故而提出寧願減少戶數也要移到北方的想法，懇求朝廷後獲得允許，轉封到南陽的白水鄉。王莽時代，劉敞成為這個家族的家長，他有個叫劉玄的堂兄弟因為犯了法，在一個叫平林的地方流亡。平林和綠林一樣，有一個陳牧等所率的流民團，叫做平林兵。從綠林轉移過來的王匡所率的新市兵也進入這裡。受政府軍討伐的反體制團體，數量越多膽子越大。平林兵和綠林系的新市兵在此合流後，最大的問題就是由誰來做頭目。正好身為漢王室後裔的劉玄流亡到這裡，所以就讓他來擔任首領。
前面講到，豪強也有私兵團。從流民團以劉玄為首這件事上可以看出，豪強和賊匪出現了聯合的可能性。平林兵、新市兵再加上豪強的私兵團，此前專事掠奪的反體制武裝集團搖身一變，成了以復興漢王朝為目標的政治集團。受任的劉玄一開始被叫做更始將軍，不久就被擁戴為皇帝，年號“更始”，時間是公元23年。
南陽豪強的核心，是相當於舂陵侯（王莽除去了漢王室劉氏一族的王侯之位）的劉氏支系家長的劉敞和他的兒子劉祉。不過在南陽劉氏中，比起這一直系，劉、劉秀兄弟的人望更高。兄弟倆的外公是湖陽大豪強樊重，劉秀的兩個姐姐分別嫁給了新野縣的名門鄧晨和宛縣的實力派李通。此外，與新野縣的名門來氏也有姻親關係。這樣的人脈在這個時代發揮了巨大的威力。不過，為何是劉玄被推戴成了皇帝呢？理由很簡單。平林、新市的造反軍想要的是一個傀儡皇帝，優秀的人物並不合他們的胃口。
劉玄稱帝的前一年（22），王莽第二次出兵討伐東方的赤眉軍，但再次戰敗。一般人都說碰到政府軍比碰到赤眉軍更可怕，因為政府軍的軍紀相當敗壞。人們聚集到打了勝仗的一方，所以赤眉軍在大破政府軍後，人數膨脹到了十萬。
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反王莽勢力中，最大的兩支是把劉玄當作傀儡的豪強和流民的聯合體以及赤眉軍。前者以南陽為中心，後者以山東為中心，都在大力擴張勢力。在全國其他地區雖有規模的差別，但也有數不清的造反團體。這樣一來，不得不說王莽的新王朝已經很快呈現出了晚期症狀。
擁戴更始帝劉玄的勢力被稱為更始軍。更始軍從南陽北上，經昆陽至洛陽，又從那裡西攻長安。劉、劉秀兄弟也參加了更始軍，不過實際上是有能力的劉在主持大局。據說綠林系下江兵的指揮者王常等也是如此。關於擁立新的皇帝即位，有時期尚早的論調，不少人認為攻下長安後才應做這件事。
躲在綠林山的時候，人們只是為口糧而拼命。王莽政權開始衰落後，人們開始看到前途充滿希望，一片光明，但同時也產生了分歧。有人認為應該在有能力、有統率力的皇帝的指揮下，享受再度到來的太平。他們希望劉即位。至少不能靠劉玄，所以他們提出即位尚早的論調。與此相反，也有人對即將到來的新時代有政治上的野心，想操縱一個無能的皇帝。這股勢力慌慌張張地把劉玄推到了帝位上。皇帝這個位置自然令劉玄感到不安，因為他最清楚自己根本沒有能力。
王莽為了阻止更始軍北上，派去大軍，而且還是百萬大軍。號稱百萬，首先可以先減去一半，但即便如此也還是大軍。形式主義者王莽給它取名為“虎牙五威兵”，他令精通兵法六十三家之術的人從軍，讓軍隊不止帶著各式各樣的圖書、器械，還載著珍寶，帶著猛獸一起去。這是示威用的，是為向沿路展示“王莽之勢正如旭日升天”所使用的伎倆。
年滿六十八歲的王莽不得不展示自己仍然身體健康。他染黑了頭髮和鬍子，立史氏的女兒為皇后以填補兩年前老皇后死去所留下的空缺。應該說這也是一種示威。
王莽的大軍包圍了昆陽城。不足一萬的更始軍死守不出。劉秀跟著十三騎逃出昆陽城，在城外集合了三千兵力，向圍城軍隊發動了反攻。劉秀是個以慎重知名的人物。城內的更始軍認為，既然他都敢向大軍發動急速攻擊，後面應該還有援軍，於是也打開城門出擊。實際上劉秀集合的就只有那三千騎兵。
當時各地決定觀望的勢力仍然不少。王莽之所以大張旗鼓地攻擊昆陽，也是為了示威。然而，昆陽大敗使得王莽被徹底放棄了。從昆陽潰逃的王莽敗兵四散奔逃回故鄉，他們起到了在全國宣傳“王莽沒戲了”的作用。
更始帝劉玄設局殺了劉秀的哥哥劉。劉玄一直很擔心最有人望的劉可能有一天取代自己的帝位。有個叫劉稷的男子主張即位尚早論，拒絕被任命為將軍。更始帝以違抗天子命令為由，逮捕並處死了他。這次劉為他辯護，也被以同樣的罪名即日處死。這是一場一網打盡的預謀，也是更始軍分裂的危機。慎重的劉秀埋藏起殺兄之恨，對更始帝保持恭順的態度。即便是更始帝，也不能清除在昆陽立下莫大功勳的人。
攻陷洛陽的更始軍主力自然把目標轉向西方的長安。這一次，皇帝劉玄命令劉秀平定河北。雖然最大的對手劉已被打倒，但他的弟弟、昆陽英雄劉秀也必須遠離。河北有個叫王郎的人，出身邯鄲，自稱是成帝的私生子，坐了天子之位，受到廣陽王劉嘉（武帝的五代孫）和真定王劉楊（武帝末弟的六代孫）的擁立。各地漢朝皇族的注意力被吸引到了王郎究竟是否是私生子的問題上，而如今暫時被立為皇帝的卻是劉玄，因此對究竟投向二者哪一方取捨不定。同樣是漢代皇族，但有王位的才是正皇族，侯不過是個準皇族，況且劉玄還只是準皇族的第二代堂兄弟，所以各地皇族不承認更始帝的氛圍很重。
劉秀迎娶了真定王劉楊的外甥女郭聖通，首先把真定王勢力搶到自己一方，通過攻擊周邊先把邯鄲孤立出來。更始二年（24）四月，劉秀終於攻陷了邯鄲城池，並斬了敗逃的王郎，在昆陽大勝的次年又獲得了一場輝煌的大勝。
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另一方面，在更始帝派去的申屠建和李松等將軍到達之前，長安就已經由本地的造反團捷足先登地接管了。王莽根本沒有人望，沒有人願意為他死守長安。第一個接管長安的是王憲，他極盡掠奪之能事。王莽被一個叫杜吳的人所殺，一個叫公賓就的人割下了他的頭。不久更始帝派去的將軍進入長安，王憲就被殺了頭。強搶宮女、車上立天子旗被認定是大罪。
而更始帝進入長安後，也不能說是展開了善政。從他被當作傀儡而扶植為皇帝可以看出，這是個愚昧的君主。他寵愛夫人也就是右大司馬趙萌的女兒，把政事全部交給趙萌。這個趙萌是個肆意放縱的人，因此新政權很快就失去了人心。
更始帝政權更關心的是每天召開的宴會，而不是讓在戰亂中疲憊不堪的人民休養生息。王莽的亂政即便偽善，但好歹目標是聖天子的政治，而更始帝卻連這個理想的零頭都沒有。正因為期望很大而踐約未能實現，所以人們的失望也很大。對更始帝政權絕望的聲音立刻傳遍四方。
和更始軍旗鼓相當的造反勢力赤眉軍怎麼樣了呢？這已經是數十萬的大軍了，將領們對統率這樣的兵力有心無力。大部分人的故鄉在東方，可以說是歸心似箭。然而如果全部解散的話，赤眉軍就會煙消雲散。野心勃勃的將領們打著如意算盤，想充分利用這好不容易才集中起來的兵力。正在此時，更始帝政權失去人心的消息傳來。於是赤眉軍將領們自然就產生了取代更始帝的野心。
儘管如此，赤眉軍還是缺乏核心。在王莽亂政中得到深刻教訓的人們還是在期望著漢王朝的再現。提起赤眉軍精神上的紐帶，那就是對城陽景王的信仰。城陽景王是漢高祖的孫子劉章，他在誅殺呂氏時一馬當先斬了呂產，因而在山東地方被當作戰神祭祀，成了民間的信仰。赤眉軍從城陽景王的後裔中挑了一名叫劉盆子的十五歲少年，扶植他登上了天子之位。劉盆子的父親式侯劉萌在王莽時被廢侯，因此在之後出生的盆子在動亂中未能受到教育，是個牧羊童，連讀書寫字都不會。據說他突然做了天子，在受到眾人禮拜時完全被嚇壞了，差點哭起來。
赤眉軍擁立劉盆子攻入長安，更始帝在逃亡後又故作沉著地回來，被封為長沙王，不久就被縊死。不過赤眉軍政權比更始帝政權還要糟糕。他們為了把歸心似箭的軍眾拉到長安，說那裡有很多財寶，去了就能得到榮華富貴。而進入長安後赤眉軍眾卻發現，財寶已經被更始軍掠奪一空，連食物都沒了。赤眉軍在長安停留了三個月，糧食也吃光了，因此為了尋找糧食移師向西。打算利用軍眾力量的將領們知道，如果東行，軍隊就會自然解散，所以誘導他們一直向西。然而西邊已經有了自立為王的隗囂，他率軍輕輕鬆鬆就擊退了飢寒交迫、意氣消沉的赤眉軍。
赤眉軍回到長安，可還是沒有糧食。事已至此，二十萬赤眉軍眾只得東歸。而在歸途上等待他們的，是平定了河北的劉秀。赤眉軍立少年天子的更始三年（25）六月，劉秀也於同月登基，改元建武。東漢王朝宣告誕生，但天下還在動亂之中。
劉秀在殺了自稱天子的王郎之後，挨個降伏了河北的流匪團伙。其中最大的一個團伙叫做銅馬軍，因其首領被封為列侯，軍眾被合併，於是那個地方的人稱呼劉秀為“銅馬帝”。而那些銅馬之下的造反團伙是因赤貧而起義的，所以劉秀赦免了他們。
十餘萬赤眉軍在宜陽被等候多時的劉秀降伏。劉盆子雖即了帝位，但是被強迫的，本人沒有任何野心。劉秀赦免了他。赤眉軍的將領們也被赦免了。
劉秀——這個時候應該稱他為東漢的光武帝了。他在打敗王郎後，把邯鄲堆積如山的文書付諸一炬，根本不閱一字。和王郎有書信往來的人們，本來一直在擔心會被懷疑與其關係親密，這下子就放心了。不得不說，劉秀收攬人心的手段非常高明。
但是，只要被認定是有野心的危險人物，劉秀就絕不放過。戰勝王郎的主因在於把真定王劉楊拉入自己一方。光武帝在即位第二年，就以謀反的罪名殺了此人。劉楊是光武帝之妻郭氏的舅舅。前面提到，劉楊比光武帝更接近漢代皇統，或許有人有擁立劉楊的動向。勝者留下的記錄不能全盤都信，所以應該認為，他有可能是被光武帝暗算了。
赤眉軍的將領雖被赦免，但樊崇和逢安兩人後來因謀反之罪而被處死。不過徐宣和楊音等其他赤眉軍將領得以安度天年。
光武帝是個知識分子。年輕的時候他在洛陽太學就學，想著自己最多做個執金吾（警察總監）就滿足了。他還是個多情種子，娶了新野縣出身的絕世美女陰麗華做妻子。政治策略上娶劉楊的外甥女為妻是在初婚的第二年，按現在的說法就是重婚了。
赤眉軍以及源自綠林系造反團伙的更始軍，可以說是因為欠缺知識分子而失敗的。如果有通曉歷史教訓的知識分子的意見，兩軍進入長安時的暴行是可以避免的。據說赤眉軍將領中識字的只有曾經做過獄吏的徐宣一人。
曾是太學儒生的光武帝在亂世中光芒四射。兄長劉被殺後他能隱忍不發，可能還是學問的力量在支撐著他。光武帝的軍隊紀律嚴明，是因為他深知人們在亂政、暴政和無法無天的軍隊的交相壓榨之下，生活是多麼的困苦，對能帶來秩序的救世主是多麼的渴望，而且他也能客觀地審視自己。
更始、赤眉被消滅後，就只剩下隴（甘肅）的隗囂和蜀的公孫述這兩個地方軍閥。
建武九年（33），隗囂病死，他的兒子隗純接任。次年，隗純投降。建武十二年（36），公孫述戰敗而死，蜀併入東漢的版圖。就這樣，東漢鞏固了王朝的基礎。攻隴時，光武帝曾向前線的部將岑彭送去書信，說
——人苦不知足，既平隴，復望蜀。每一發兵，頭須為白。
這就是成語“得隴望蜀”的出典。對慾望無止境作自我反省的說法，確實是光武帝式的章句。