滿清看出了明朝的虛實，知道高經略無用，袁崇煥無人支持，於天啓六年正月大舉渡遼河攻寧遠，兵十三萬（在這幾年中，清軍的實力已擴充了一倍），號稱二十萬。二十三日攻抵寧遠。大敵終於攻來了。朝廷荒唐，主帥荒謬，援軍是一定不會有的。那怎麼辦？
棄城而退是服從主帥命令；守城罷，寧遠一城孤軍，怎能擋滿清的傾國之師？在這緊急關頭，袁崇煥奮發了英雄之氣，決意抗敵。他和大將滿桂、副將左輔、朱梅，參將祖大壽、何可綱等，集將士誓死守城。袁崇煥刺出自己鮮血，寫成文告，讓將士傳閲，更向士卒下拜，激以忠義。全軍上下在他的激勵下人人熱血沸騰，決心死戰。
他又下令前屯守將趙率教、山海關守將楊麒，凡是寧遠有兵將逃回來，一概抓住斬首。山海關有他的上司遼東經略高第鎮守，袁崇煥的職權本來只能管到寧遠和前屯，山海關總兵楊麒他是管不着的。但這時還管他甚麼上司不上司，職權不職權，“×他媽，頂硬上，幾大就幾大！”
（淞滬之戰時，十九路軍廣東兵守上海，抗禦日軍侵略，當時“×他媽，頂硬上”的廣東三字經，在江南一帶贏得了人民的熱烈崇敬。因為大家都説：廣東兵一罵“×他媽！”就挺槍衝鋒，向日軍殺去了。）
他母親和妻子這時也在遼西，大概住在山海關或前屯衞後方。他將母親和妻子都搬到寧遠城中來祝全家和寧遠共存亡的決心，表現得再清楚也沒有了。
二十四日，清兵到達城下。袁崇煥初次見到“辮子兵”的威猛。清兵都有辮子，在那時，漢人只要聽到“辮子兵”三字，不由自主的就膽戰心驚，直到十餘年後仍是如此。李自成部下都是身經百戰的悍將健卒，席捲而東，攻破北京，在山海關前的一片石和吳三桂部大戰時，絲毫不落下風。但清兵突然出現，李自成軍中響起“辮子兵來了！辮子兵來了！”的驚呼，二十萬大軍就此全軍大潰，一敗塗地。李自成逃出北京，向西急竄，“大順”朝終於覆滅。在那時候，“辮子兵”就是“無敵雄師”的代名詞。袁崇煥並不是比李自成更會打仗，他部下的兵將也並不更為勇猛。但他更加鎮定，更加堅決，他沒有個人的自私慾望，不像李自成那樣想做皇帝。真所謂“無欲則剛”，所以他比李自成更剛強。他是“×他媽，頂硬上”的英雄。
但他部下的兵將不是廣東人，主要是遼河兩岸的關外健兒，其他各省的都有。只因為主帥有“頂硬上”的英鋭之氣，部屬也都跟着他“頂硬上”了。
這時寧遠守兵約一萬，而清兵有十三萬。向來明清交戰，總是明兵多而清兵少，這次卻眾寡易勢，大軍都在經略高第手中。高第全軍據守山海關，果然並不派兵來救。努爾哈赤先分遣部隊繞過寧遠，在城南五里處切斷了通向山海關的大路，然後放幾名俘虜來的漢人去寧遠向袁崇煥傳話：“我這次帶了二十萬大軍來攻，寧遠非破不可。守城官如投降，我一定大加優待，封為大官。”袁崇煥回答説：“你突然領兵來攻，那是甚麼道理？錦州與寧遠兩城，你本來已經佔領，又再放棄。我修築好了來住，自然要死守，怎肯投降？你説有二十萬兵，未免誇大。你真正的兵力大約是十三萬，我倒也不以為來兵太少了。”
努爾哈赤於是大舉攻城。
當時朝鮮使者帶同翻譯官韓瑗去北京朝見皇帝，剛到達寧遠。袁崇煥很高興的招待使節及其隨從。朝鮮使節見守軍甚是鎮定，暗暗感到奇怪。袁崇煥和三數幕僚閒談，及報清兵攻到，袁崇煥乘轎至戰樓，又與韓瑗等談古論今，泰然自若，全無憂色。過了不久，忽聽得一聲大炮，聲動天地。韓瑗大驚，只嚇得低下了頭抬不起來。袁崇煥笑道：“賊兵來了！”打開城頭敵樓的窗子，向外望去，只見清兵蔽野而來。城中卻聲息全無。成千成萬的辮子兵衝到了城邊，突然之間，城頭舉起千千萬萬火把，矢石如雨般投下城去。戰事越來越激烈，明軍忽然從城頭的每一個石堞間推出一個又長又大的木櫃，這些大木櫃一半在堞內，一半探出城外，大櫃中伏有甲士，俯身射箭投石，投完了便將大本櫃拉進來，再裝矢石出去投擲。跟着地雷爆發，土石飛揚，無數清兵和馬匹被震上半空。攻城清兵的先鋒部隊是鐵甲軍，每人身上都披兩層鐵甲，稱為“鐵頭子”。清兵以堅車攻城，車頂以生牛皮矇住，矢石不能傷。城內架起西洋大炮十一門，在城頭輪流轟擊，每一炮打出去，破壞殺傷及於數里。
清兵奮勇迫近，推了鐵裹車猛撞城牆，聲音轟隆轟隆，勢道驚人，撞擊了很久，城牆撞破的地方很多。清兵再用像雲梯那樣的裹鐵高車來撞擊城牆高處。隨後又把裹鐵車推到城牆邊，上面用木板遮住，以擋城頭投下的矢石，車裏藏了兵士，用鐵鍬挖掘城牆牆腳。
清兵攻進了城牆下的死角，大炮已打他們不到。在這危急之時，守軍想到了計策，抬了屋子前的長條大階沿石從城上投下去。階石十分沉重，鐵車上的木板擋不住，壓死了不少清兵。
攻城時候經歷很久，城基被清兵挖成了一個個凹龕，清兵躲在城牆洞內向裏挖掘，城上再投大石下去，就打不到了。這時寧遠四周十餘里的城牆牆腳已被挖得千孔百瘡，眼看城破在即，滿城百姓驚惶得很，都抱怨説：“袁爺為了他自己一人，害死了我們滿城百姓。”
大家正在彷徨無策之時，通判金啓□（浙江人）臨時想出了幾件新式武器，將火藥撒在蘆花褥子和被單上，紛紛投到城下去。他將這件新式武器取名為“萬人敵”。當時是正月，氣候酷寒，攻城清兵見到被褥，就都來搶奪，城上將火箭、硝磺等引火物投下去，“萬人敵”立即燃燒，燒死了無數清兵。另有一種“萬人敵”是將火藥放在空心的大泥團中，外面圍以木框，點燃了藥引投下城去，泥團不斷旋轉噴火，燒死敵兵。那位通判在趕製“萬人敵”之時，火藥碰到火星，不幸被燒死了。
這時城牆被撞垮了一丈多，袁崇煥不能再泰然自若了，親自搬石來堵塞缺口，連受了兩次傷。部將勸他保重。他厲聲道：“寧遠雖只區區一城，但與中國的存亡有關。寧遠要是不守，數年之後，咱們的父母兄弟都成為韃子的奴隸了。我若膽小怕死，就算僥倖保得一命，又有甚麼樂趣？”撕下戰袍來裹了左臂的傷口又戰。將士在他的榜樣之下，人人奮勇，終於堵上了缺口。二十五日清兵又猛攻，袁崇煥督將士死戰。清太祖努爾哈赤也受了傷。血戰三日，清兵損失慘重，終於不得不下令退兵。此役殺死了清軍中着錦衣的軍官十餘人，即滿洲人稱為“牛錄額真”的。清兵退去後，守軍將五十名敢死隊用長繩縋到城下，拾到了十餘萬支箭。城牆上給清兵挖出的洞穴有七十餘個。這時點查火藥庫，火藥也用盡了，局面真是危險得很。敵軍解圍而去之後，百姓感到安全了，滿城大哭，紛紛去拜謝袁崇煥與滿桂的救命之恩。為甚麼要“滿城大哭”？想來是既感激又慚愧，又是説不出的欣喜罷？
第二天早晨，清兵大隊人馬擁聚在城外大平原一邊。袁崇煥派遣一名使者，備了禮物去送給努爾哈赤，對他説：“老將橫行天下為時已久，今日敗於小子之手，只怕是天意了。”努爾哈赤已受重傷，於是回送禮物及名馬，約期再戰。所謂“約期再戰”，只是掩飾面子的話。努爾哈赤不敢再攻寧遠，轉而去攻覺華島泄憤。
袁崇煥招募來的兩廣子弟兵，在寧遠之戰中似乎並未發生如何重大的作用。據我猜想，極可能是袁崇煥派了廣東水師守覺華島。覺華島現在叫做菊花島，在寧遠海外，當時是關外屯聚糧草的重地，因為關外軍糧靠海運接濟，在覺華島起卸最方便。寒冬之際，海面結了厚冰，變成了陸地，廣東兵所擅長的水戰完全用不上，只得把車輛排起來當防禦工事，在冰上和清兵打陸戰，結果全軍覆沒，島上十餘萬石糧食盡被焚燬。這幾千名廣東海軍，大概多數在這一役中犧牲了。努爾哈赤對諸貝勒説：“我自二十五歲以來，戰無不勝，攻無不克。為甚麼單是寧遠一城就打不下來？”心中十分惱怒。此後傷勢一直未愈，七月間到清河温泉療養，派人去召大福晉（正妃）來，同回瀋陽，在離瀋陽四十里處的靉雞堡逝世，年六十八歲。努爾哈赤一生只打了這一個大敗仗。清人從此對袁崇煥十分敬畏。袁崇煥指揮這個戰役很有儒將風度，坐轎子在城頭敵樓中督戰，打了勝仗之後，派使者送禮物給努爾哈赤，頗有《三國演義》中諸葛亮與周瑜羽扇綸巾、談笑用兵的氣派；也似南朝梁朝大將韋睿臨陣時輕袍緩帶，乘輿坐椅，手持竹如意指揮軍隊。韋睿身子瘦弱，但戰無不勝，敵軍畏之如虎，稱為“韋虎”。不過到了當真危急之時，袁崇煥也不能再扮儒將了，只得以“蠻子”姿態來死拚。
①見李光濤《清入關前之真象》。但此節不見於其他記載，不知李先生有何根據。
②《清太祖實錄》卷十。
③據日人稻葉君山《清朝全史》中所引述朝鮮使者當時在寧遠城頭的目睹記。
④據《臚天頌筆》。
⑤據計六奇《明季北略》中引寧遠圍城時在鼓樓前開店的一名花椒商人所述。
⑥據梁啓超《袁崇煥傳》。該傳中敍述清兵敗退後，“崇煥復開壘襲擊，追北三十餘里，清軍大亂，死者逾萬人。”與其他資料不符，今不齲。
⑦袁崇煥《祭覺華島陣亡兵將文》：“慨自戰守乖方，屢失疆土，天子赫然震怒，調南北水陸舟師，謂爾乘船如馬，遂調之來為進取也。據爾等間關遠至，豈不欲滅此朝食，一航而金復歸，再航而黃龍掃哉？奈未盡其用而敵即來。冱寒之月，冰結舟膠，窘爾之所長，烏得不及於難？説者謂謀之不臧。不臧固不臧矣，然排山倒海之勢，以十八萬而臨數千之水卒，即臧可奈何？而爾等計無復之，憤然以死，略無芥蒂，視當年之棄曳倒奔者，加一等也。人之罪至死而免，人之品至死而定。今將略爾罪而嘉乃忠，請命於天子，諒為之恤，所以不沒汝等者，良有在也。吁嗟，巨浪茫茫，空山寂寂，皆汝等忠靈之所棲蕩也，望故鄉以何日？即轉劫而無期，苒苒遊魂，何不相結為厲，殲仇泄憤？在生之志，借死以伸，則雖死之日，猶生之年也，爾其勉之。不腆之奠，涕與俱之。尚饗。”《古今圖書集成·職方典，廣州府部·祠廟考》中，記載東莞縣有一座敕建忠愍祠，“天啓七年，奉敕建，為遼將死事陣策，在教場尾。”陳策不知怎樣在遼西犧牲，相信他是袁崇煥從故鄉帶去的子弟兵之一。天啓七年的冬天，袁崇煥已回東莞，這座忠愍祠很可能是他向朝廷申請，由皇帝下敕建造，以紀念他在關外殉國的舊部。
⑧清人所修的《明史·袁崇煥傳》中説：“我大清舉兵所向，無不摧破。諸將罔敢議戰守。議戰守自崇煥始。”
當朝中得到清兵大舉來攻的訊息時，百官驚惶之極。兵部尚書王之光與廷臣商議，人人束手無策，以為這一次寧遠一定要失了，不知山海關是否能保得祝後來得到捷報，朝野自然喜出望外，謝天謝地。
高第因不援寧遠而免職，以王之臣代。袁崇煥升為右僉都御史。那是正四品的官。
三月，復設遼東巡撫，由袁崇煥升任。但魏忠賢見他地位重要了起來，開始對他提防，派了兩名親信太監劉應坤與紀用去寧遠監軍。皇帝派特務監視部隊長官，是歷代政治腐敗時常常出現的情形。特務干預軍事，後果一定極差，所以袁崇煥上疏反對，但抗議無效，特務太監非來不可。朝廷為了安撫他，加他一個兵部右侍郎（正三品，相當於國防部第二副部長）的頭銜，並賞銀幣，子孫世襲錦衣千户。
在這時候，袁崇煥與大將滿桂之間，發生了激烈衝突，衝突的原因在於另一個大將趙率教。
滿桂和趙率教都是第一流的將領，但性格很不同。滿桂是蒙古人，非常的戇直，簡直有些傻里傻氣。趙率教卻十分的機靈精乖，相信他一定很會討好上司，所以每一個遼東統帥自袁應泰、王在晉、孫承宗、高第、以至袁崇煥，個個都很喜歡他（在《碧血劍》小説裏，當袁承志週歲時送金項圈的就是他）。滿桂和他本來是非常要好的朋友。當清兵大舉來攻寧遠時，趙率教在前屯衞鎮守，派了一名都司、四名守備帶兵來援。當時大敵壓境，趙率教自己不來和上司及好朋友共赴患難，所派的援兵又到得很遲，滿桂大大不高興，不許援兵進城，後來因袁崇煥的命令才放他們進來。等到寧遠解圍，趙率教想分功。滿桂不許，又罵他為甚麼自己不來救援，太沒有義氣。兩人為此大吵。大概滿桂的態度十分粗魯，蒙古三字經罵之不已，説不定還想出拳打人，袁崇煥便袒護趙率教。衝突轉移到了袁、滿二人之間，或許滿桂對上司不夠尊敬，於是袁崇煥要求將滿桂調走。
朝廷羣臣都知道滿桂打仗的本事，但將帥不和總是不對，便依從了。可是經略王之臣極力認為滿桂決不可去。朝廷召還滿桂的命令已頒下了，於是聽了王之臣的主張，再命滿桂鎮守山海關。袁崇煥堅決不接受。朝廷無法，只得將滿桂調回北京，保留左都督原官，派在國防機構辦事。這件事情顯然是袁崇煥的蠻子脾氣發作，衝動起來，作出了違反理智的決定。由於王之臣袒護滿桂，袁崇煥又去和王之臣吵鬧。朝廷怕王之臣與袁崇煥不斷衝突，壞了大事，於是將指揮權劃分為二：關內的部隊由遼東經略王之臣指揮，關外部隊則由遼東巡撫袁崇煥指揮。經略的官比巡撫大，但這時袁崇煥已不屬遼東經略管了。
袁崇煥畢竟是個光明磊落的大丈夫，冷靜下來之後，知道是自己的不對，於是上奏請再用滿桂。朝廷當然批准，派滿桂兼統關內外兵馬，賜尚方劍。王之臣和袁崇煥是文官，等於現在的政委；滿桂是武將，是部隊司令。武將受文官指揮。幸虧袁崇煥不堅持錯誤，否則二次寧遠大戰，就不能得到滿桂這樣的大將來主持城防。
在這時候，袁崇煥上了一道奏章，提出守遼的基本戰略，這道奏章有很大的重要性。
其中主張：一、用遼人守遼土；二、屯田，以遼土養軍隊；三、以守為主，等待機會再出擊。他最擔心的事，是立了功勞之後，敵人必定要使反間計，散播謠言，而本國必定有人妒忌毀謗。
他深知明軍的戰鬥力不如清軍，野戰不利，只有用己之長，所以提出了戰術的基本原則：“兵不利野戰，只有憑堅城、用大炮一策。”所統帶的部隊無力打野戰，作為主帥，自然深感棘手。但訓練一支善打野戰的勁旅，非一朝一夕之功，那是無可奈何的；而對於勢所必至的朝臣忌功中傷，更是無可奈何，只有盼望皇帝和大臣們能加以照顧了。
袁崇煥也不是一味的蠻幹，有時也有他機靈的一面。他對魏忠賢派去監視他的兩名特務太監敷衍得很好。當年冬天，他帶同趙率教以及兩名特務太監劉應坤、紀用，興辦防禦工事及屯田，漸漸又再收復了高第所放棄的土地。他在奏章中將這兩名太監的功勞吹噓了一番，所以魏忠賢和劉應坤、紀用三人都得到了封賞。劉、紀二人似乎也不是壞太監，並沒有對袁崇煥掣肘阻撓，後來寧錦大戰，劉應坤在寧遠上城督戰，紀用在錦州上城督戰，都勇敢得很。大概二人為袁崇煥的忠勇所感召，也變得忠勇起來。可見也不是所有的太監都是壞人，主要還在領導者如何領導。
①《明史·滿桂傳》：“桂椎魯甚，然忠勇絕倫，不好聲色，與士卒同甘苦。”《明史·趙率教傳》：“率教為將廉勇，待士有恩，勤身奉公，勞而不懈，與滿桂並稱良將。二人既歿，益無能辦東事者。”
②袁崇煥奏章中説滿桂“意氣驕矜，謾罵僚屬，恐壞封疆大計，乞移之別鎮，以關外事權歸率教。”
③《明史·袁崇煥傳》引述他的奏章：“陛下以關內外分責二臣。用遼人守遼土，且守且戰，且築且屯。屯種所入，可漸減海運。大要堅壁清野以為體，乘間擊瑕以為用。戰雖不足，守則有餘。守既有餘，戰無不足。
顧勇猛圖敵，敵必仇，奮迅立功，眾必忌。任勞則必召怨，蒙罪始可有功。怨不深則勞不著，罪不大則功不成。謗書盈篋，毀言日至，自古已然，惟聖明與廷臣始終之。”
努爾哈赤死後，第八子皇太極接位。
皇太極的智謀武略，實是中國曆代帝皇中不可多見的人物，本身的才幹見識，不在劉邦、劉秀、李世民、朱元璋之下。中國歷史家大概因他是滿清皇帝，由於種族偏見，向來沒有給他以應得的極高評價。其實以他的知人善任、豁達大度、高瞻遠矚、明斷果決，自唐太宗以後，中國曆朝帝皇沒有幾個能及得上。努爾哈赤是罕有的軍事天才，這個老將終於死了，繼承人是一個同樣厲害的人物。皇太極的軍事天才雖不及父親，政治才能卻猶有過之。袁崇煥所受到的壓力一點也沒有減輕。皇太極接位之時，滿洲正遭逢極大的困難。
努爾哈赤新死，滿洲內部人心動盪。努爾哈赤遺命是四大貝勒同時執政，行的是集體領導制，皇太極的權位很不鞏固。在經濟上，因為與明朝開戰，人蔘、貂皮等特產失去了傳統市常滿洲當時在生產上是奴隸制，擄掠了大批漢人來農耕，生產力相當低。但軍隊大加擴充，這時已達十五萬人，軍需補給發生很大問題，偏偏又遇上嚴重的天災，遼東發生饑荒。如向關內侵略，卻又打不破袁崇煥這一關。
在這時候，皇太極定下了正確的戰略：侵略朝鮮。朝鮮物產豐富而兵力薄弱，正是理想的掠奪對象。在外交上，朝鮮採取的是“事大（對明）交鄰（對日本、滿清）”政策。明清交戰時，朝鮮出兵助明，又供給明軍皮島總兵官毛文龍糧食，成為滿清後方的一個牽制。皇太極進攻朝鮮，可以解決經濟上、戰略上的雙重困難，同時在必定可以得到的軍事勝利之中樹立威望，鞏固權位。
明朝方面的困難也相當不小，訓練一支既能守，又能戰，再能進一步收復失地的精鋭野戰軍，需要相當時間。袁崇煥任寧前道僉事時，山海關外四城，縱深約二百里，廣約四十里，屯兵六萬餘人，糧餉全靠關內支給。後來在孫承宗、袁崇煥主持下，恢復錦州、中屯、大淩河諸城，國防前線向北推展，屯田數千頃，兵士足食。高第代孫承宗為經略，盡棄錦州諸城，寧遠沒有了外衞，也沒有了糧源。靠朝廷接濟是很靠不住的，朝廷對於拖欠糧餉向來興趣濃厚。袁崇煥做遼東巡撫，首要目標是修復錦州、大淩河等城堡的守備，然後屯田耕種。但築城工程費時甚久，又不能受到敵人干擾，在和滿清處於戰爭狀態之時無法進行。所以明清雙方，都期望有一段休戰的時期，以便進行自己的計劃。明方是練兵、築城、屯田，清方是進攻朝鮮，鞏固統治。在這樣的局勢下，具備了議和的條件。明方的議和是攻勢的，最後目標是消滅滿清，收復全部遼東失地。清方的議和主要是守勢，目的在鞏固已得的土地，要明方承認雙方的現有疆界，雙方和平共處，進行貿易。因為明清雙方的國力實在太過懸殊。明方那時的人口，官方的紀錄是六千多萬，實際上遠不止此數，當時男丁要被政府徵去義務勞動，不參加的要繳錢代替，所以百姓儘可能的瞞報人口。外國學者們的估計相互差距很大，最高的估計認為那時中國人口是一億五千萬人。我相信決不會少於一億人。女真人大概不到五十萬人。人口的對比是二百比一甚至三百比一。滿清所佔的土地，只是今日吉林、遼寧、黑龍江的一部份，與明方相比也是相差極遠。明方火器犀利，葡萄牙大炮尤其非清兵所能抵擋。
清方的長處，主要只是“明朝本身的腐敗”，以及清軍戰鬥力強勁和統帥部高明的軍事才能。只要袁崇煥鎮守寧遠，清方的長處就發揮不出了。持久的纏鬥下去，滿清勢必難以支持。袁崇煥寧遠大捷，在軍事上並無十分重要的意義，因為並沒有摧毀清軍的主力，甚至沒有削弱清軍的戰鬥力。然而在政治上，對士氣與民心卻有非常巨大的振奮作用，這使中國軍民知道清軍也不是不會打敗仗的。經此一役之後，本來投降了滿清的許多漢人官吏和士卒又逃回來了。寧遠城頭的大炮，轟碎了“女真滿萬不可敵”的神話。清方從來沒有期望真能征服明朝。努爾哈赤和皇太極的祖宗，長期來做明朝所封的邊疆小官。努爾哈赤幼時住在明朝大將李成梁家裏，類似童僕奴隸。所以他們對於明朝有先天性的敬畏，自卑感很深。寧遠之戰，使他們下意識中隱伏着的自卑感又開始抬頭。明朝是自己覆滅的，並非給滿清所打垮。滿清與明軍交戰，始終強調“七大恨”，滿清認為明朝有七件大事欺侮女真人，逼得他們忍無可忍，才起兵反抗。滿清一直沒有自居能與明朝處於平等地位。
“七大恨”的基本思想，是抱怨明朝作為最高統治者，卻在努爾哈赤與敵對部族發生爭執時袒護對方，沒有公平處理，那是下級對上級的申訴。例如第五大恨的“老女事件”，葉赫部的一個王公本來答應把他十四歲的妹妹送給努爾哈赤為妾，但二十年後，這個三十六歲的“老女”改嫁給蒙古王子，努爾哈赤認定是出於明朝的授意，身為上級而不秉公斷事。
差不多在每個戰役之後，清方總是建議談和。因為他們對於目前的成就早就喜出望外，本來是做夢也想不到的，只求明方正式承認他們所佔的土地，讓他們能永久保有，就已心滿意足了。但明朝從來置之不理，認為對方根本沒有談和的資格。明朝的態度是這樣：“你們是朝廷的部屬，只能服從命令，怎麼能要求談判和平？”這種死要面子的心理，使得明朝始終沒有能爭取到一段喘息的時間來整頓軍備、鞏固防禦。袁崇煥充分了解到爭取暫時和平的必要。努爾哈赤的逝世正是一個好機會。這時剛好有一個五台山的喇嘛李喇嘛來到寧遠。滿洲人信佛教，尊崇喇嘛，袁崇煥就請李喇嘛作居間的使者，派了兩名都司和隨從等三十三人，於天啓六年十月去瀋陽弔祭努爾哈赤之喪，作初步的和平試探。但他知道朝廷絕不喜歡提“議和”兩字，所以報告朝廷時，只説是派人去窺探虛實，以決定對之徵討呢，還是招安。這種誇大的説法，目的自在滿足皇帝和大臣的虛榮心。
明清雙方統帥都熟知《三國演義》中的故事，袁崇煥這出“柴桑口卧龍弔喪”，皇太極如何會不省得？他將計就計，於十一月派了兩名使者，與李喇嘛一起來到寧遠，致書袁崇煥，表示了和平的意向。其中説：“你停息干戈，派李喇嘛來弔喪，並賀新君登位。你既以禮來，我也當以禮往，所以派官來道謝。至於和議一事，我父親上次來寧遠時，曾有文書給明朝朝廷，請你轉呈，但迄今沒有答覆。你的君主如果答應前書，願意和平，應當以誠信為先。”
書信中將金國（當時滿清的正式國號是“金”，後來才改為“大清”。⑧）與中國平頭並列。袁崇煥深刻了解朝廷自高自大，對於文書的體例十分看重，如將來信轉呈，必定要碰大釘子，同時見到信中語氣也不大客氣，便告知使者説，此信格式不合，礙難入奏，將原信交給使者退回。皇太極改寫了信封上的格式，袁崇煥認為仍然不對，又再退回。皇太極第三次改寫，自處於較低地位，袁崇煥才收了信。但明朝仍是一貫的不答。第二年正月（在金國是天聰元年），皇太極再遣前使，致書袁崇煥求和，信中説：“兩國所以構兵，在於以前明朝派到遼東的官員認為中國皇帝是在天上，自高自大，欺壓弱小部族，我們忍無可忍，才起兵反抗。”下面照例列舉七大恨，然後提議講和。講和要送禮，要求最初締結和約時中國送給金國金十萬兩，銀百萬兩、緞百萬匹、布千萬匹。締約後兩國每年交換禮物，金國送禮：東珠十顆，貂皮千張、人蔘千斤。中國送禮：金一萬兩、銀十萬兩、緞十萬匹、布三十萬匹。兩國締結和約後，就對天發誓，永遠信守。
所提的要求是經濟性的，可見當時滿清深感財政困難，對布匹的需要尤其殷切。大概袁崇煥要奏報朝廷，等候批覆，所以隔了兩個月金國使者才回去，隨同明方使者，帶去袁崇煥及李喇嘛的書信各一；猜想朝廷對金方的要求全部拒絕，所以袁崇煥無法作出任何讓步，他的回信內容雄辯，文采煥發，説道：過去的糾紛，都是因雙方邊境小民口舌爭競而起，這些人都已受到了應得的懲罰，再要追究是非，也已無法到陰世地府去細查，只盼雙方都忘記了吧。你十年苦戰，既然為的只是這七件事，現在你的仇敵葉赫等等都早給你滅了。為了你們用兵，遼河兩岸死者豈止十人？仳離改嫁的哪裏只有老女一人？遼瀋界內人民的性命都不能自保，還説甚麼財物？你的仇怨早都雪了，早已志得意滿。只不過這些極慘極痛之事，我們明朝難以忍受罷了。今後若要修好，那麼請問：你如何退出已佔去的城池地方？如何送還俘虜去的男女百姓？只有盼你仁明慈惠、敬天愛人而作出決定了。你所要求的財物，以中國物資的豐富，本來不會小氣，只是過去沒有成例，多取也不合天意，還是請你重行斟酌罷。和談正在進行，你為甚麼又對朝鮮用兵？我們文武官屬不免懷疑你言不由衷了。希望你撤兵，以證明你的盛德。李喇嘛的信中説：袁巡撫是活佛出世，對於是非道理，心下十分分明，這樣的好人是不容易遇到的，願汗與各王子一切都放開了吧，佛説：“苦海無邊，回頭是岸”。皇太極回信給袁崇煥説：過去的怨仇，當然是算了，否則又何必議和修好？你們的土地人民歸我之後，都已安定，這是天意，如果重行歸還，那既違反天意，又對不起人民。金國所以要出兵朝鮮，完全是由於朝鮮不對，現在已講和了。説到“言不由衷”，為甚麼你一面説要修好，一面又派哨卒來我方偵察，收納我方逃亡，部隊逼近我邊界，修築城堡？其實是你才“言不由衷”，我國將帥對你也大有懷疑。至於所要求的“初和之禮”，金銀等可以減半，緞布只要原來要求的半成。我方也以東珠、人蔘、狐皮、貂皮等物還贈，表示雙方完全公平。既和之後，雙方互贈仍如前議。如果同意，希望辦得越快越好。關於來往書信的格式，皇太極提議：“天”字最高，明朝皇帝低“天”一字，金國汗低明朝皇帝一字，明朝諸臣低金國汗一字。他答覆李喇嘛的信中，抱怨明朝皇帝對他的書信從來不加理睬；又説：你勸我“苦海無邊，回頭是岸”，這話很對，但為甚麼只勸我而不去勸明朝皇帝？如果雙方都回頭修好，豈不甚善？後來皇太極又致書袁崇煥，抗議他修築塔山、大淩河、錦州等城的防禦工事，認為是缺乏和平誠意，並提議劃定疆界。平心而論，明朝朝廷瞧不起金國，於對方來信一概不答，只由地方官和對方通信，金國也難免氣憤。金國的經濟要求，雖説是雙方互贈，實質上當然是金方大佔便宜。金方答應贈送的東珠、人蔘、貂皮等物，大概最多隻能抵過綢緞布匹的價值，明方付出的每年一萬兩黃金、十萬兩銀子，等於是無償贈與。那時一兩黃金約等於十兩銀子（明初等於四兩，後來金貴銀賤），明朝每年以二十萬兩銀子買得一年和平，代價低廉之至。熊廷弼守遼之時，單是他一軍每個月的餉銀就需十多萬兩銀子。如果有了十年和平，大加整編軍隊，再出兵挑戰，主動與被動的形勢就轉過來了。
皇太極對於緞布的要求一下子就減少了百分之九十五，而且又建議以適當禮物還報，希望和議儘快辦理，可見對於締結和平的確具有極大誠意。他自知人口與兵力有限，經不起長期的消耗戰。此後每發生一次戰爭，便提一次和平要求。當時議和的障礙，主要是在明朝的文官。明朝的大臣熟悉史事，一提到與金人議和，立刻想到的就是南宋和金國的和議，人人都怕做秦檜。大家抱着同樣的心理：贊成和金人議和，就是大漢奸秦檜。這是當時讀書人心中的“條件反射”。袁崇煥從實際情況出發主張議和，朝臣都不附和。遼東經略王之臣更為此一再彈劾袁崇煥，説這種主張就像宋人和金人議和那樣愚蠢自誤。其實，明朝當時與宋朝的情況大不相同。在南宋時，金兵已佔領了中國北方的全部，議和等於是放棄收復失地。但在明朝天啓年間，金人只佔領了遼東，遼西的南部在明人手中，暫時議和，影響甚校南宋之時，岳飛、韓世忠、劉□、張竣吳□、吳□等大將，都是兵精能戰，金人後方不穩，形勢上利於北伐，議和是失卻了恢復的良機。明末軍隊的戰鬥力遠不及金兵，惟一可以依賴的只有西洋大炮。但當時的大炮十分笨重，不易搬動，只能用於守城，不能用於運動戰。
對於明朝最重要的是，宋金議和，宋方絕對屈辱，每年片面進貢金帛，並非雙方互贈。宋朝皇帝對金稱臣。然而皇太極卻甘願低於明朝皇帝一級，只要求比明朝的諸臣高一級。皇太極一再表示，金國不敢與中國並列，只希望地位比察哈爾蒙古人高一等就滿足了。
他和袁崇煥書信來往，態度上是很明顯的謙恭。可見宋金議和與明金議和兩事，根本不能相提並論。皇太極明白明人的想法，所以後來索性改了國號，不稱金國，而稱“大清”，以免引起漢人心理上敵對性的連鎖反應。袁崇煥和皇太極信使往來，但因朝中大臣視和議如洪水猛獸，談判全無結果。當時主張和金人議和，非但冒舉國之大不韙，而且是冒歷史上之大不韙。中國過去受到外族的軍事壓力而議和，通常總是屈辱性的，漢人對這件事具有先天性的反感，非常方便的就將“議和”、“投降”、“漢奸”三件事聯繫在一起。當軍事上準備沒有充分之時，暫時與外敵議和以爭取時間，中國歷史上兩個最出名的英主都曾做過。漢高祖劉邦曾與匈奴議和，爭取時間來培養國力，到漢武帝時才大舉反擊。唐太宗李世民曾與突厥議和（那時是他父親李淵做皇帝，但和議實際上是李世民所決定），等到整頓好軍隊後才派李靖北伐，大破突厥。不過這不是中國歷史上傳統觀念的主流。主流思想是：“與侵略本國的外敵議和是投降，是漢奸。”其實，同是議和，卻有性質上的不同，決不能一概而論。基本關鍵在於：議和是永久性的投降？還是暫時妥協、積極準備而終於大舉反攻、得到最後勝利？議和停戰只是策略，決不等於投降。然而明末當國的君臣都是庸才，對於敵我雙方力量的對比、大局發展的前途都是茫無所知，既無決戰的剛勇，也無等待的韌力。袁崇煥精明正確的戰略見解，朝廷中下意識的認為是“漢奸思想”。
袁崇煥當然知道如此力排眾議，對於自身非常不利，然而他已將自身安危全然置之度外，只是以大局為重。以他如此剛烈之人，對聲名自然非常愛惜，給人罵“漢奸”，那是最痛苦的事。比較起來，死守寧遠、抗拒大敵，在他並不算是難事，最多打不過，一死殉國便是，那是心安理得的。但要負擔“歷史罪人、民族罪人、名教罪人”的責任，可艱鉅得多了。越是不自私的人，越是剛強的人，越是不重視性命而不肯忍受恥辱。越是儒家的書讀得多，心中歷史感極其深厚的人，越是寶貴自己的名節。文天祥《正氣歌》中所舉那些慷慨激烈的事蹟，如張巡睢陽死守，顏杲卿常山罵賊，袁崇煥做起來並不困難。對於性格柔和的人，當然是委曲求全易而慷慨就義難，在袁崇煥這樣的偉烈之士，卻是守寧遠易而主和議難。主張議和，他必須違反歷史傳統、違反舉國輿論、違反朝廷決策、更違反自己的性格。上下古今，一切都反，連自己都反。他是個衝動的熱情的豪傑，是“寧為直折劍、猶勝曲全鈎”的剛士，是行事不顧一切、“幾大就幾大”的蠻子，可是他終於決定：“忍辱負重”。
在他那個時代，絕無尊重少數人意見的習慣與風度。連袁崇煥自己在內，都相信“國人皆曰可殺”多半便是“可殺”。那是一個非此即彼、決不容忍異見的時代，是正人君子紛紛犧牲生命而提出正義見解的時代。卑鄙的奸黨越是在朝中作威作福，士林中對風骨和節操越是看重。東漢和明末，是中國歷史上讀書人道德價值最受重視的兩個時期。歲寒堅節，冰雪清操，在當時的道德觀念中，與“忠”、“孝”具有相同的第一等地位。他很愛交朋友，知交中有不少是清流派的人。如果他終於因主和而為天下士論所不齒，對他將是多麼嚴重的事。他對金人的和談並不是公開進行的，因此並沒有受到普遍的抨擊，但他當然預料到將來終於要公開，清議和知友的譴責不可避免的會落到頭上。
在袁崇煥死後十三年的崇禎十五年，明朝局勢已糜爛不可收拾。洪承疇於所統大軍全軍覆沒後投降滿清。松山、錦州失守。崇禎便想和滿清議和，以便專心對付李自成、張獻忠等民軍。兵部尚書陳新甲更明白無力兩線作戰，暗中與皇帝籌劃對滿清講和。崇禎和陳新甲不斷商議，朝中其他大臣聽到了風聲，便紛紛上奏，反對和議。崇禎矢口不認，説根本沒有議和的事，你們反對甚麼？崇禎每次親筆寫手詔給陳新甲，總是鄭重警誡：這是天大機密，千萬不可泄漏而讓羣臣知道了。該年八月，崇禎派親信又送一道親筆詔書去給陳新甲，催他儘快設法和滿清議和。陳新甲出外辦事去了，不在家，那人便將皇帝的密詔留在他書房中的几上而去。陳新甲的家童誤以為是普通的《塘報》（各省派員在京所抄錄的一般性上諭與奏章，稱為《塘報》），拿出去交給各省駐京辦事處傳抄。這樣一來，皇帝暗中在主持和議的事就公開了出來，羣臣拿到了證據，登時譁然，立刻上奏章反對。
皇帝再也無法抵賴，惱怒之極，下詔要陳新甲解釋，責問他為甚麼主張議和，罪大惡極之至。陳新甲的聲辯書中引述了不少皇帝手詔中的句子，證明這是出於皇上的聖意。崇禎更失面子，老羞成怒，下旨：陳新甲着即斬決。理由是流寇破城，害死皇帝的親藩，兵部尚書應負全責。那時距明朝之亡已不過一年半，局面的惡劣可想而知，但羣臣還是堅決反對議和，連皇帝也不得不偷偷和國防部長暗中商量，表面上堅決不肯承認，最後消息泄漏，便殺了國防部長以卸自己責任。從這件事中，可以見到當時對“議和”是如何的忌諱，輿論壓力是如何沉重。連崇禎這樣狠辣的皇帝，也不敢對羣臣承認有議和之意。
袁崇煥卻膽敢進行議和。那正是出於曾子所説“只要深信自己的道理對，雖有千萬人反對，我還是幹了”那種浩然之氣。諸葛亮出師北伐，天下皆稱其忠。岳飛苦戰抗敵，天下皆知其勇。袁崇煥的功業或許比不上諸葛亮和岳飛，雖然，那也是很難真正比較的，然而他身處嫌疑之地而行舉世嫌疑之事，這種精神上的痛苦負擔，諸葛亮和岳飛卻幸而不必經受。袁崇煥有一句詩：“心苦後人知”。當真是英雄寂寞，壯士悲歌。他明知不能得到當時的諒解，只盼望自己這番苦心孤詣能為後人所知。當我寫到這一段文字時，想到他的耿耿之懷，悠悠之心，忍不住又感到了劇烈的心酸，感到了他英雄性格中巨大的悲壯美，深刻的悽愴意。
正確的戰略決策無法執行，朝政越來越腐敗，在魏忠賢籠罩一切的邪惡勢力下做官，天天都可以送掉了性命。關外酷寒的天氣，生長於亞熱帶的廣東人實在感到很難抵受。在這期間，袁崇煥從廣東招募來的人員中有人要回故鄉去了，臨別時問他：你留在這裏繼續擔當艱危呢，還是回鄉以求平安？他寫了一首詩回答：我和你曾同生共死，我的內心你還不明白嗎？又何必問安危去留？我在這裏奮不顧身，本來不是為了富貴。故鄉的親友們如果問起，請你轉告：邊界還沒有平靖，我只有感到慚愧，當然要繼續幹下去。袁崇煥是三兄弟中的老二。大哥崇燦當他在關外時在故鄉逝世。三弟崇煜隨着他在軍中辦事，後來也告辭回鄉。袁崇煥從寧遠送他到山海關而分手，寫了兩首詩給他，説：邊疆需要人守禦，昇平還沒有得到，我早已決心報國，安危去留的問題不必提了。
①皇太極在西方人的書中寫作Abahai，法國學者格奧賽（RenéGrousset）在《中華帝國的興起與輝煌》一書中有“一六四四年的大變”一章，其中説：“皇太極是蠻人中的一個天才，他把本族人民的軍事才能，和對文明生活的天生理解相結合起來。”
②清《太宗實錄卷三》：天聰元年，“時國中大飢，鬥米價銀八兩，人有相食者。國中銀兩雖多，無外貿易，是以銀賤而諸物騰貴。良馬，銀三百兩。牛一，銀百兩。蟒緞一，銀百五十兩。布匹一，銀九兩。盜賊繁興，偷竊牛馬，或行劫殺。於是諸臣入奏曰：盜賊若不按律嚴懲，恐不能止息。上惻然，諭曰：今歲國中因年飢乏食，致民不得已而為盜耳。緝獲者，鞭而釋之可也。遂下令，是歲讞獄，姑從寬典。仍大發帑金，散賑饑民。”他寬待因飢餓而為盜的百姓，與崇禎督促部將“限期破賊、殺賊立功”的政策恰正相反。
③何柄棣：The Ladder of Success in Imperial China, Aspects of SocialMobility, 1368-1911一書中，認為明初人口六千五百萬，到明末時已漲了一倍以上。
④王鍾翰：《滿族在努爾哈赤時代的社會經濟形態》一文中，根據朝鮮《興京二道河子舊老城》的資料，認為一六二一年時，努爾哈赤的兵數二十萬，再加上婦女老少，“全人數當在四、五十萬左右。”
⑤《天聰實錄稿》元年三月初二日，“秀才嶽起鸞曰：我國宜與明朝講和。若不講和，則我國人民死散殆荊”《明清史料》甲編，天聰二年八月“事局未定”奏疏：“南朝雖師老財匱，然以天下之全力，畢注於一隅之間，蓋猶裕如也。”《東華錄》載天聰三年八月戊辰，“大臣同謀倡逃”。《明清史料》乙編載，崇禎二年二月二十一，袁崇煥塘報：“一日之內，降者竟前後接踵而至。”
⑥“七大恨”：一、明朝殺害金人的二祖；二、袒護金人的仇敵哈達；三、越界出兵，助金人的世仇葉赫抗金；四、明人越界，金人根據誓約殺了，明朝勒索金方交出十人來殺死，以資報復；五、明朝造成老女改嫁；六、移置界碑，搶奪金國的人蔘、貂皮；七、聽信葉赫，寫信來辱罵侮慢。
⑦“觀其向背離合之意，以定征討撫定之計。”見《兩朝從信錄》。
⑧當時滿清的正式國號是“金”，史書上稱為“後金”，以與宋朝時的“金”有所分別。到天聰十年（明崇禎九年）才改為“大清”。所以本文中的滿清，其實都應稱“金”。“滿洲”的名稱，也要到改了“大清”的國號之後才出現，以前稱“建州”或“女真”。多數學者認為，“滿洲”是文殊菩薩的“文殊、曼殊”的音轉。為了便於讀者，本文中不將“金、清”“建洲、滿洲”等稱呼根據歷史年代而作分別。
⑨《太宗實錄稿》：天聰七年十月，皇太極責罵主張出兵南攻之人：“天予我有數之兵，若稍虧損，何以前圖？”宋高宗紹興十一年十二月殺岳飛。十二年正月，宋金和議達成，高宗趙構向金國上表稱臣，表中説：“臣構言：既蒙恩造，許備藩方，世世子孫，謹守臣節。每年皇帝生日並正旦，遣使稱賀不絕。歲貢銀二十五萬兩，絹二十五萬匹。”《太宗實錄》卷十二，天聰六年六月，皇太極致書大同守將求和，信中説：“和事既成，自當遜爾大國，爾等亦視我居察哈爾之上可也。”皇太極來信的開頭是（根據原信）：“汗致書袁老先生大人”。（後來乾隆時修訂《太宗實錄》覺得語氣太卑，才改為《皇帝致書袁巡撫》，但當時皇太極未稱帝，決不可能有“皇帝”的稱呼。）袁崇煥書信的開頭是：“遼東提督部院，致書於汗帳下：再辱書教，知汗漸欲恭順天朝，息兵戈以休養部落，即此一念好生，天自鑑之，將來所以佑汗而昌大之者，尚無量也。”後來皇太極在寫給祖大壽的信中（那時袁崇煥已死），曾説：“爾國君臣，惟以宋朝故事為鑑，亦無一言復我。
然而明主非宋之苗裔，朕亦非金之子孫。彼一時，此一時，天時人心，各有不同。爾大國豈無智慧之時流，何不能因時制宜乎？”其實努爾哈赤、皇太極等一直自認是金的子孫，他為了求和，連祖宗也不認了。他後來在寫給崇禎的奏章中説：“諸有利於封疆者，皆不利於此身者也。”所以他的知己程本直説：“舉世皆巧人，而袁公一大痴漢也。唯其痴，故舉世最愛者錢，袁公不知愛也。唯其痴，故舉世最惜者死，袁公不知怕也。於是乎舉世所不敢任之勞怨，袁公直任之而弗辭也。於是乎舉世所不得不避之嫌疑，袁公直不避之而獨行也。”所謂“舉世所不得不避之嫌疑”，就是與金人議和。《孟子·公孫丑》：“昔者曾子謂子襄曰：‘……自反而縮，雖千萬人，吾往矣。’”袁崇煥《邊中送別》：“五載離家別路悠，送君寒浸寶刀頭。欲知肺腑同生死，何用安危問去留？策杖只因圖雪恥，橫戈原不為封侯。故園親侶如相問，愧我邊塵尚未收。”袁崇煥《山海關送季弟南還》：“公車猶記昔年情，萬里從我塞上徵。牧圉此時猶捍禦，馳驅何日慰昇平？
由來友愛鍾吾輩，肯把鬚眉負此生？去住安危俱莫問，燕然曾勒古人名。”“弟兄於汝倍關情，此日臨歧感慨生。磊落丈夫誰好劍？牢騷男子爾能兵。才堪逐電三驅捷，身上飛鵬一羽輕。行矣鄉邦重努力，莫耽疏懶墮時名。”其中“磊落丈夫誰好劍？牢騷男子爾能兵”兩句，寫出了他兩兄弟豪邁的性格，就詩而論，也是豪邁的好詩。
在這段時期中，皇太極進攻朝鮮，打了幾個勝仗後，朝鮮投降，訂立了對滿清十分有利的和約，每年從朝鮮得到糧食、金錢和物品的供應。皇太極本來提出三個條件：割地、擒毛文龍、派兵一萬助攻中國。朝鮮對這三個條件無法接納，但在經濟上儘量滿足滿清的要求。同時在此後的明清戰爭中，朝鮮改守中立，使滿清去了後顧之憂。
在皇太極對朝鮮用兵之時，袁崇煥加緊修築錦州、中左、大淩河三城的防禦工事，派水師去支援皮島的毛文龍，另派趙率教、朱梅等九員將領率兵九千，進兵三岔河，牽制清軍，作朝鮮的聲援。但朝鮮不久就和滿清訂了城下之盟，趙率教等領兵而回，並未和清軍接觸。
皇太極無法和明朝達成和議，卻見袁崇煥修築城堡的工作進行得十分積極，時間越久，今後進攻會更加困難，於是決定“以戰求和”，對寧遠發動攻擊。
天啓七年五月，皇太極親率兩黃旗、兩白旗精兵，進攻遼西諸城堡，攻陷明方大淩河、小淩河兩個要塞，隨即進攻寧遠的外圍要塞錦州。五月十一，皇太極所率大軍攻抵錦州，四面合圍。這時守錦州的是趙率教，他和監軍太監紀用守城，派人去與皇太極議和，那自是緩兵之計，以待救兵。皇太極不中計，攻城愈急。袁崇煥派遣祖大壽和尤世祿帶了四千精兵，繞到清軍後路去包抄，又派水師去攻東路作為牽制。這時天熱，海上不結冰，水師用得着了。趙率教是陝西人，這人的人品本來是相當不高的。努爾哈赤攻遼陽時，趙率教是主帥袁應泰的中軍（參謀長）。袁應泰是不懂軍事的文官，趙率教卻沒有盡他做參謀長的責任，這個戰役指揮得一塌胡塗。清軍攻破遼陽，袁應泰殉難，趙率教卻偷偷逃走了，論法當斬，不知如何得以倖免，想來是賄賂了上官。後來王化貞大敗，關外各城都成為無人管的地方，趙率教申請戴罪立功，帶領了家丁前去接收前屯衞，但到達時發覺已被蒙古人佔住，他便不敢再進。努爾哈赤攻寧遠，趙率教在前屯衞，距離很近，自己不親去赴援，後來寧遠大捷，他卻想分功，以致給滿桂痛罵，釀成了很大風波。和滿桂衝突時，袁崇煥相當支持他。趙率教感恩圖報，又得袁崇煥時時勉以忠義，到錦州大戰時，他突然之間似乎變了一個人。他和前鋒總兵左輔、副總兵朱梅等率兵奮勇死戰，和皇太極部下的精兵大戰三場，勝了三場，小戰二十五場，也是每戰都勝。從五月十一打到六月初四，二十四天之中，無日不戰，戰況的激烈，不下於當年寧遠大戰。六月初四那天，皇太極增兵猛攻。錦州城中放西洋大炮，又放火炮、火彈和矢石，清兵受創極重。攻到天明時，皇太極見支持不住了，只得退兵，退到小淩河紮營，等候各路兵馬集中整編。趙率教轉怯為勇，自見敵潛逃到拚死守城，自畏縮不前到激戰二十四日，到後來更在保衞北京之役中血戰陣亡，終於在歷史上與滿桂齊名，成為當時的兩大良將。他這個重大轉變，非常突出的證明了袁崇煥的領導才能。皇太極整理好了部隊，轉而去攻寧遠。
清軍上次在寧遠吃過敗仗，兵將心中對袁崇煥都是很忌憚的。大貝勒代善見城中有備，就勒兵不攻。皇太極對諸將説：“先汗攻寧遠不克，這次我攻錦州又不克，若再攻不下寧遠，我可要聲名掃地了。”於是下令總攻，擊破城下明軍騎兵，直薄城壁。比之第一次寧遠之戰，袁崇煥部的戰鬥力已有增強，敢於到城外決戰了。上次要清軍退後，才派五十名敢死隊縋到城下拾箭枝，可見不敢開城門。
滿桂率領明軍在城南二里列陣，城牆下環列槍炮。皇太極佯敗，想引明軍來攻，然後伏兵齊起。但明軍沒有上當，守壘不追。皇太極於是回軍再戰。
袁崇煥親上城頭督戰，大聲呼叫。滿桂戰於城外。祖大壽、尤世祿回師攻擊清兵後路。雙方死傷均重，滿桂身中數箭。明軍野戰終於打不過清軍，於是退入城中據守。這場大戰打得十分慘烈，城壕中填滿了兩方軍士的死屍。守軍又以葡萄牙大炮轟擊，擊碎清方大營帳一座及皇太極的白龍旗，殺傷清兵不少。明方的報告説，皇太極長子召力兔貝勒胸口中箭，另一子浪蕩寧古貝勒在陣上被明軍射殺，又殺固山（領七千五百人）四人、牛錄（領三百人）三十餘名。這報告失之誇大，事實上並無皇太極的兒子在此役中陣亡。但清方紀錄中也説：濟爾哈朗貝勒、薩哈廉貝勒、大將瓦克達、阿格等均受傷。皇太極見部隊損失重大，只得退兵，再攻錦州南面，亦不能拔，將士又遭到不少傷亡，將領覺多拜山、巴希等陣亡。七月，清兵敗回瀋陽。這一役明朝稱為“寧錦大捷”，是明軍對清軍第二次血戰勝利。袁崇煥在報功的奏章中，力稱功勞最大的是滿桂。他和滿桂向來頗有意見衝突，但在奏章中力稱寧遠大捷以滿桂之功居多，可見光明磊落，大公無私。
第一次寧遠大捷是天啓六年正月，第二次寧錦大捷是七年五月，相隔一年零四個月。
在這短短的十六個月之間，袁崇煥加強了明軍的戰鬥力，搶築了錦州的防禦工事，固守在清軍的後路，使皇太極有後顧之憂，不敢久攻寧遠。同時清軍先攻錦州不克，再攻寧遠，氣勢已挫。可見袁崇煥這十六個月中的準備工作收到了很大成效。如果能多一些和平時期，局面當然更有改進。這一仗大捷，軍事上的主要因素之一，還是靠了葡萄牙的紅衣大炮。明朝這時本來已驅逐了葡萄牙人的天主教傳教士。傳教士波爾、米克耳兩人見到明清交兵，有機可乘，便發動澳門的葡人，嚮明朝提供軍費和炮手。明朝於是召還已驅逐了的教士。本來秘密傳教變成了公開，大批葡萄牙教士和炮手進入中國。後來中國在外國教士和技師指導之下自行鑄炮。所鑄成的大炮也封了官，稱為“安國全軍平遼靖虜將軍”，還派官祭炮，請將軍發威破敵。金人要直到數年之後，才因投降的明人之助而開始鑄造大炮。
袁崇煥在政治上屬於魏忠賢的敵對派系。他中進士的主考官韓□、保薦他的御史侯恂等都是東林黨的巨頭。袁崇煥當然不肯剋扣軍餉去孝敬魏忠賢。但為了大目標是守禦錦州、寧遠，他也相當的委曲求全。各省督撫都為魏忠賢建生祠，袁崇煥如果不附和，立刻就會罷官，守禦國土的大志無法得伸，因此當時也只得在薊遼為魏忠賢建生祠。
但魏忠賢仍是不滿意。所以雖有寧錦大捷，袁崇煥卻得不到甚麼重賞，只升官一級。
奉承魏忠賢的官員卻有數百人因此大捷而升官，理由是在朝中策劃有功，連魏忠賢一個尚在襁褓中的嬰兒從孫，也因此而封了伯爵。魏忠賢是太監，沒有兒子，只好大封他侄兒，封他侄兒的兒子。魏忠賢這時更叫一名言官彈頦袁崇煥，説他沒有去救錦州為“暮氣”。
袁崇煥在這樣的壓力之下，只得自稱有病，請求辭職。魏忠賢立刻批准，派兵部尚書王之臣去接替。皇太極聽到這個消息，當然是大喜若狂，而聽到加給袁崇煥的罪名與評語竟是“暮氣”兩字，恐怕大喜之餘，卻也不免愕然良久吧？袁崇煥這樣的人竟算“暮氣沉沉”，卻不知誰才是“朝氣蓬勃”？袁崇煥離開寧遠時，心中感慨萬千，可想而知。那時他還只四十歲左右，方當壯盛的英年，正是要大展抱負的時候。立了大功反而被迫退休，他的部屬將士既感詫異，更是忿忿不平。他寫了一首詩給一個部將，詩中説：我們慷慨同仇，間關百戰，功勞不小，皇上的恩遇也重。但我的苦心，卻只有後人知道了。建功立業固然很好，回家休養也是不錯。對於我的去留，大家不必感到不平罷。這首詩顯得很有氣度。
不過他對於天啓皇帝，還是十分感激的。他本來是一個七品知縣，自天啓二年到七年夏天，短短的五年半之間，幾乎年年升官，中間還跳級，直升到“巡撫遼東、兵部右侍郎、兼都察院右僉都御史”，實在算是飛黃騰達。他自覺升官太快，曾上疏辭謝。他説在諸同年中，官職最高之人和他也差着好幾級，為了要做部屬武將的榜樣，請皇帝收回升賞的成命。皇帝批覆説：你接連三次謙辭，品德很好，但你功勞大，升官是應該的。他在回廣東故鄉途中，經過大庾嶺時寫了一首詩，感念天啓對他的知遇之恩。他心中明白，天啓是個昏君，可是對待自己實在很好。他到了廣州，去光孝寺遊覽，踏足佛地，不禁想到生平殺人甚多，和環境大不調和，然而那也只是感到不調和而已。英雄豪傑，一往無悔，卻也無須對菩薩低頭，不必對殺了該殺之人有甚麼遺憾。
①袁崇煥的奏章中説：“十年來，盡天下之兵，未嘗敢與奴合馬交鋒，即臣去年，亦自城上而下攻。自今始一刀一槍，下而拚命，不顧夷之兇狠剽悍。臣復憑堞大呼，分路進追。諸軍忿恨，誓一戰以挫此賊。此皆將軍滿桂之功居多。”
②馬耳丁的《韃靼戰記》中大吹葡萄牙傳教的功勞，又説：“上帝對於信仰基督教的皇帝必予福佑，所以中國皇帝對韃靼人（指滿清）作戰大勝。”其實天啓皇帝信仰的是魯班先師，並沒有信仰基督教的上帝。據馮承鈞譯、沙不列撰：《明末奉使羅馬教廷耶穌會士卜彌格傳》：崇禎三年，澳門葡人隊長率士卒四百、大炮十尊入境效力。廣州鉅商恐失壟斷中西貿易之利，厚賂朝臣，加以阻撓。後葡軍隊長公沙的西勞陣亡於登萊。《碧血劍》小説略取其意。③袁崇煥《南還別陳翼所總戎》：“慷慨同仇日，間關百戰時，功高明主眷，心苦後人知。麋鹿還山便，麒麟繪閣宜。去留都莫訝，秋草正離離。”其中“功高明主眷”這一句，不免含有苦澀的意味。天啓決不是明主，天下皆知，自己功高如此，結果卻得了這樣的“眷”，這位“明主”，真是“明”得很了。
④袁崇煥《天啓六年六月初十日謝升蔭疏》中説：“且武人奔競，少豎立便欲厚遷，稍不合輒思激去，要挾朝廷，開釁同類，今邊疆始終不得一人之用，臣最疾之。臣今日不自處於恬，何以消諸將之競？況臣原無富貴之心，又皇上所鑑也。”對這個辭賞的奏章，朝廷的批答是：“奉聖旨：袁崇煥存城功高，加恩示酬，原不為過；乃三疏控辭，愈徵克讓。還着遵旨□承。該部知道。”
⑤袁崇煥《歸庾嶺》：“功名勞十載，心跡漸依違。忍説還山是？難言出塞非。主恩天地重，臣遇古今希數卷封章外，渾然舊日歸。”
⑥袁崇煥《遇訶林寺口占》：“四十年來過半身，望中□樹隔紅塵。如今着足空王地，多了從前學殺人。”
天啓皇帝熹宗捉了幾年迷藏（他初做皇帝時，愛和小太監捉迷藏），做了幾年木工（不是做皇帝），天啓七年八月，在二十三歲上死了。天啓的兒子都已夭折，有些后妃懷了孕，也都被客氏和魏忠賢設法弄得流產，所以沒有兒子。由他親弟弟信王由檢接位，年號崇禎。朱由檢當時虛歲是十八歲。他生於萬曆三十八年十二月，其實只十六歲另八個月。這個十七歲的少年皇帝不動聲色的對付魏忠賢，先將他的黨羽慢慢收拾，然後逼得他自殺。這場權力鬥爭處理得十分精采。
魏忠賢死後，附和他的無恥大臣被稱為“逆黨”，或殺頭，或充軍，或免職，人心大快，在“寧錦大捷”中冒功的人也都被清除了。被魏忠賢逆黨排擠罷官的大臣又再起用，他們都主張召回袁崇煥。天啓七年十一月，升袁崇煥為右都御史、視兵部添注左侍郎事。
崇禎元年四月，再升他為兵部尚書、兼右副都御史、督師薊遼、兼督登萊天津軍務。兵部尚書是正二品的大官，所轄的軍區，名義上也擴大到北直隸（河北）北部和山東北部沿海，成為抗清總司令。不過薊州、天津、登萊各地另有巡撫專責，所以袁崇煥所管的實際還是山海關及關外錦寧的防務。明末軍制，在外帶兵的文臣，頭銜最高的是督師，通常以木學士兼任，宰相出外帶兵，才稱督師；其次是總督或經略，由兵部尚書或侍郎兼任；更其次是巡撫；巡撫之下才是武將中最高的總兵官。袁崇煥不是大學士，卻有了大學士方能得到的軍事最高官銜。以前遼東歷任軍事長官都只是經略或巡撫。
那時距他做知縣之時還只六年。
袁崇煥在廣東家居這幾個月中，與一般文人詩酒唱和，其中最著名的朋友是陳子壯。
陳子壯是廣東南海人，和袁同科中進士，陳是探花。他在作浙江主考官時出題目諷刺魏忠賢，因而被罷官。袁陳兩人同鄉同年，又志同道合，交情自然非同尋常。陳子壯在崇禎時起復，做到禮部侍郎，後來在廣東九江起兵抗清，戰敗被俘，不降而死，也是廣東著名的民族英雄。當時與袁時常在一起聚會的，還有幾個會做詩的和尚。
袁崇煥應崇禎的徵召上北京時，他在廣東的朋友們替他餞行。畫家趙□夫畫了一幅畫，圖中一帆遠行，岸上有婦女三人、小孩一人相送。陳子壯在圖上題了四個大字：“膚公雅奏”，“膚公”即“膚功”，祝賀他“克奏膚功”的意思。圖後有許多人的題詩，第一個題的就是陳子壯。這幅畫本來有上款，後來袁崇煥被處死，上款給收藏者挖去了，多次易手流轉，到光緒年間才由王鵬運考明真相。一羣廣東文人後來將圖與詩影印成一本冊子，承一位朋友送了我一本。原圖目前是在香港。“膚公雅奏圖”上的題詩，大都是稱譽袁崇煥的抗清功績，預料此去定可掃平胡塵、燕然勒石，麟閣題名等等。好幾人詩句中都提到袁崇煥的“談鋒”、“高談”、“笑談”。喜與朋友們高談闊論，一定是他個性中很顯著的特點。在這幅畫上題詩的共有十九人，其中有和尚三人，有幾個是袁的幕僚。值得注意的是，有八個人在十處地方提到了黃石公、赤松子、圯上、素書的典故，這決不會是偶然現象。這典故是説張良立了大功之後，隨即退隱，才避免給猜忌殘忍的劉邦所殺。在這次餞別宴中，袁崇煥的朋友們一定強調必須“功成身退”，大家對於皇帝的狠毒手段都深具戒心，所以在詩中一再警戒。七月，袁崇煥到達北京，崇禎召見於平台，那是在明官左安門。崇禎見到袁崇煥後，先大加慰勞，然後説道：“建部跳梁，已有十年了，國土淪陷，遼民塗炭。卿萬里赴召，忠勇可嘉，所有平遼方略，可具實奏來！”
袁崇煥奏道：“所有方略，都已寫在奏章裏。臣今受皇上特達之知，請給我放手去幹的權力，預計五年而建部可平，全遼可以恢復。”崇禎道：“五年復遼，便是方略，朕不吝封侯之賞。卿其努力以解天下倒懸之苦！卿子孫亦受其福。”袁崇煥謝恩歸班。崇禎暫退少憩。給事許譽卿就去問袁崇煥，用甚麼方略可以在五年之內平遼。袁崇煥道：“我這樣説，是想要寬慰皇上。”許譽卿已服侍崇禎將近一年，明白皇帝的個性，袁崇煥卻是第一次見到皇帝。許譽卿於是提醒他：“皇上是英明得很的，豈可隨便奏對？到五年期滿，那時你還沒有平遼，那怎麼得了？”袁崇煥一聽之下，爽然自失，知道剛才的話説得有些誇張了。他答應崇禎五年之內可以平定滿清、恢復全遼，實在是一時衝動的口不擇言，事實上那是根本不可能的。袁崇煥和崇禎第一次見面，就犯了一個大錯誤。大概他見這位十七歲半的少年皇帝很着急，就隨口安慰。
過了一會，皇帝又出來。袁崇煥於是又奏道：“建州已處心積慮的準備了四十年，這局面原是很不易處理的。但皇上注意邊疆事務，日夜憂心，臣又怎敢説難？這五年之中，必須事事應手，首先是錢糧。”崇禎立即諭知代理户部尚書的右侍郎王家楨，必須着力措辦，不可令得關遼軍中錢糧不足。袁崇煥又請器械，説：“建州準備充分，器械犀利，馬匹壯健，久經訓練。今後解到邊疆去的弓甲等項，也須精利。”崇禎即諭代理工部尚書的左侍郎張維樞：“今後解去關遼的器械，必須鑄明監造司官和工匠的姓名，如有脆薄不堪使用的，就可追究查辦。”袁崇煥又奏：“五年之中，變化很大。必須吏部與兵部與臣充分合作。應當選用的人員便即任命，不應當任用的，不可隨便派下來。”崇禎即召吏部尚書王永光、兵部尚書王在晉，將袁崇煥的要求諭知。袁崇煥又奏：“以臣的力量，制全遼是有餘的，但要平息眾人的紛紛議論，那就不足了。臣一出京城，與皇上就隔得很遠，忌功妒能的人一定會有的。這些人即使敬懼皇上的法度，不敢亂用權力來搗亂臣的事務，但不免會大發議論，擾亂臣的方略。”崇禎站起身來，傾聽他的説話，聽了很久，説道：“你提出的方略井井有條，不必謙遜，朕自有主持。”大學士劉鴻訓等都奏，請給袁崇煥大權，賜給他尚方寶劍，至於王之臣與滿桂的尚方劍則應撤回，以統一事權。崇禎認為對極。應予照辦。談完大事後，賜袁崇煥酒饌。袁崇煥辭出之後，上了一道奏章，提出了關遼軍務基本戰略的三個原則：“以遼人守遼土，以遼土養遼人”——明代兵制，一方有事，從各方調兵前往。因此守遼的部隊來自四面八方，四川、湖廣、浙江均有。這些士卒首先對守禦關遼不大關心，戰鬥力既不強，又怕冷，在關外駐守一段短時期，便遣回家鄉，另調新兵前來。袁崇煥認為必須用遼兵，他們為了保護家鄉，抗敵勇敢，又習於寒冷氣候。
訓練一支精兵，必須兵將相習，非長期薰陶不為功，不能今天調來，明天又另調一批新兵來替換。他主張在關外築城屯田，逐步擴大防守地域，既省糧餉，又可不斷的收復失地。
“守為正着，戰為奇着，和為旁。”——明兵打野戰的戰鬥力不及習於騎射的清兵，這是先天的限制，不易短期內扭轉過來，但大炮的威力卻非清兵所及。所以要捨己之短，用己所長，守堅城而用大炮，立於不敗之地。只有在需要奇兵突出、攻敵不意之時，才和清兵打野戰。為了爭取時間來訓練軍隊、加強城防，有時還須在適當時機中與敵方議和，這是輔助性的戰略。“法在漸不在驟，在實不在虛”——執行上述方策之時，不可求急功近利，必須穩紮穩打，腳踏實地，慢慢的推進。絕對不可冒險輕進，以致給敵人以可乘之機。
這三個基本戰略，是他總結了明清之間數次大戰役而得出來的結論。明軍三次大敗，都敗於野戰，以致全軍覆沒；寧遠兩次大捷，都在於守堅城、用大炮。
這基本戰略持久的推行下去，就可逐步扭轉形勢，轉守為攻。但他擔心兩件事。一是皇帝和朝中大臣對他不信任，二是敵人挑撥離間，散佈謠言。因此在上任之初，對此特別強調。他聲明在先，軍隊中希奇古怪之事多得很，不可能事事都查究明白。他又自知有一股蠻勁，幹事不依常規，要他一切都做得四平八穩，面面俱圓，那可不行。總而言之：“我不顧自己性命，給皇上辦成大事就是了，小事情請皇上不必理會罷。”崇禎接到這道奏章，再加獎勉，賜他蟒袍、玉帶與銀幣。袁崇煥領了銀幣，但以未立功勳，不敢受蟒袍玉帶之賜，上疏辭謝了。崇禎這次召見袁崇煥，對他言聽計從，信任之專，恩遇之隆，實是罕見。但不幸得很，袁崇煥這奏章中所説的話，一句句無不料中，終於被處極刑。這使我想起文徵明的一首詞來。他見到宋高宗親筆寫給岳飛的敕書，書中言辭親切無比，有感而作了一首“滿江紅”，其中有一句：“慨當初倚飛何重？後來何酷？”崇禎對待袁崇煥，實也令人慨當初倚之何重，後來何酷。其間的分別是，岳飛當時對自己後來的命運完全料想不到，袁崇煥卻是早已料到了的。明知將來難免要受到皇帝猜疑，要中敵人的離間之計，卻還是要去擔任艱危，這番捨身赴難的心情，更令後人深深嘆息。
①陳子壯：“曾聞緩帶高談日，黃石兵籌在握奇。”梁國棟：“笑倚戎車克壯猷，關前氛祲仗誰收？忻看化日回春日，再上邢州護錦州。”傅於亮：“天山自昔憑三箭，遼左而今仗一夫。秉鉞紛紛論制勝，笑談尊俎似君無？”鄧楨：“冠加薦角峨應甚，賜有龍文許自專（指尚方劍）。借箸獨當天下計，折衝隨運掌中權。”鄺瑞露：“行矣莫忘黃石語，麒麟回首即江湖。”“供帳夜懸南海月，談鋒春落大江潮。”“衣布尚憐天下士，高歌誰是眼中人？”鄺瑞露即鄺湛若，廣東名士，南海人，後助守廣州，清兵破城時不屈而死。
②近人葉恭綽題袁崇煥墓有句雲：“遊仙黃石空餘願”。自注：“袁再起督師，諸友餞別詩多以黃石、赤松為言，疑有所諷，惜袁不悟。”其實不是袁崇煥不悟；張良是功成身退而從赤松子遊，袁崇煥根本沒有機會“功成”，自然談不上“身退”。不過以他的熱血熱腸，即使是功成了，多半還是不肯身退的，勢必是鞠躬盡瘁，死而後已。
③對崇禎本應稱朱由檢、思宗、莊烈帝、懷宗、毅宗，或崇禎皇帝。本文以他年號稱呼，是習慣上的通俗方式，有如稱清聖祖為康熙、清高宗為乾隆。
④崇禎召見袁崇煥的情形與對話，根據李遜之所著《三朝野記》與文秉所著《烈皇小識》兩書，其後周延儒對袁崇煥的中傷，也根據這兩書所載。李遜之的父親李應□是反對魏忠賢而被害死的著名忠臣李忠毅公。文秉是文徵明的玄孫，他父親文震孟在崇禎時任大學士。文震孟最出名的事，是在天啓年間上奏，直指皇帝諸事不理，猶如“傀儡登潮，朝政全由魏忠賢擺佈。魏忠賢於是叫了一班傀儡戲，到宮中演給熹宗看，熹宗看得大樂。魏忠賢便説：“文震孟説皇上是傀儡登場，那就是這樣子了。”熹宗當然大怒，將文震孟在朝廷上打了八十棍。李遜之和文秉二人是名父之子，他們記載朝中大事，應該相當可靠。
⑤《明史·袁崇煥傳》中引述他的奏章：“恢復之計，不外臣昔年‘以遼人守遼土，以遼土養遼人；守為正着，戰為奇着，和為旁着’之説。法在漸不在驟，在實不在虛。